XIX əsrdə Qafqaz bölgəsi feodal dağınıqlıq dövrü yaşayırdı. Osmanlı, Fars və Rusiya İmperiyası arasında arasında hərbi poliqona çevrilən regionda Rusiyanın mövqeyi güclənməkdə idi. Rusiya-Fars müharibəsi və ondan sonra imzalanan Gülüstan müqaviləsi nəticəsində Rusiya indiki Azərbaycan ərazilərinin çox hissəsini əlinə keçirir. İran və Azərbaycan (Naxçıvan bölməsi istisna olmaqla) arasında müasir sərhəd olan sərhəd çəkilir. Rusiya-İran müharibəsindən və bundan sonra imzalanan Türkmənçay müqaviləsindən sonra İran Naxçıvanı və Zəngəzuru Rusiyaya vermək məcburiyyətində qalır. Sərhəd Araz boyunca Osmanlı İmperiyası ilə sərhəd qovşağına qədər uzadılır və beləliklə sərhəd tamamilə formalaşır. Daha sonra bu sərhəd Azərbaycan-İran və İran–Ermənistan sərhəddinə çevrilir.

Rusiyada 1917-ci il inqilabından sonra Cənubi Qafqaz xalqları 1918-ci ildə Zaqafqaziya Demokratik Federal Respublikasını elan etdilər və Osmanlı İmperiyası ilə sülh danışıqlarına başladılar. Daxili fikir ayrılıqları Gürcüstanın 1918-ci ilin mayında federasiyadan ayrılmasına, daha sonra isə Ermənistan və Azərbaycan tərəfindən izlənilməsinə səbəb olur. 1920-ci ildə Sovet ordusu Azərbaycanı işğal edir. Bununlada ərazi bütövlüyü üşün tətdid yartanır. 1922-ci ildə üç dövlət SSRİ-nin bir hissəsi olaraq Zaqafqaziya SFSR-yə daxil edilir. Daha sonra 1936-cı ildə isə bu federasiya yenidən bölünür. Əslində Zəngəzurun Ermənistana verilməsi ilə bu sərhəd formalaşır.

1991-ci ildə SSRİ-nin dağılmasından sonra Ermənistan müstəqillik qazanır və ona İran-Sovet sərhədindəki hərbi infrastruktur miras qalır. 19 Mart 2007-ci il tarixində sərhəd yaxınlığındakı Əkərək şəhərində iki ölkənin prezidentləri Robert Köçəryan və Mahmud Əhmədinejadın iştirak etdiyi İran-Ermənistan qaz kəmərinin təntənəli açılış mərasimi keçirilir.