Çin ilk əvvəllər keçmiş SSRİ ölkələrinin müstəqilliyinə öz ərazisinə bir təhlükə kimi baxırdı. Çin hökuməti Uyğurların müstəqillik mücadiləsinə başlağacağından ehtiyat edirdi. Əslində isə QÜırğızıstanda anti-uyğur təssəvvürü vardı. 2009-cu ildə Qırğızıstanın baş naziri Daniyar Usenov uyğurların Qırğızıstana arası kəsilməyən köçü səbəbindən "Uyğurstan" adlanması şansının olduğunu vurğulamışdır. Qırğızıstan uyğurlara öz ərazisində muxtar rayon təşkil etmək hüququ vermişdir.

1995—2007-ci illər ərzində iki ölkə arasında ticarət dövrüyyəsi kəskin şəkildə artmışdır: 231 mln dollardan 3780 mln dollara kimi. 2008-ci ildə qırğızlar Çinə 1453 mln dollarlıq mal ixrac etmişlər. Çin ixracı isə 1186 mln dollar olmuşdur. 2008-ci ilə qədər qırğız ixracı idfxalatı üstələyirdi. Qırğızıstandan ixrac edilən məhsulların 58,0 % tullantılar və qara, əlvan metallar olmuşdur. Bununla yanaşı 27,7 % dəri və kürk məhsulları təşkil edirdi. Çin ixracının böyük hissəsini isə məişət avadanlıqları və kimyavi məhsullar olmuşdur. Narında olan azad iqtisadi zona var. Burada əsasən çin sahibkarları dominantlıq edir. Burada əsasən kiçik məişət avadanlıqları satılırdı. Bu məhsulların əksər hissəsi Çin vətəndaşları olan etnik qırğızlardan və ya qazaxlardan idxal olunan malların barteri ilə əldə olunurdu. Qırğızıstan hökuməti çoxlu sayda çinlinin Narım və ölkənin digər ərazilərinə köç etməsindən narahatlıq keçirdiyini bəyan etmişdir. Bu iki ölkə arasında ticarət əlaqələrinin əsas önəmli cəhəti Çibn məhsullarıının Qırğılzıstandan keçməklə Özbəkistan, həmçinin Qazaxıstan və Rusiyaya ixdalı təşkil edir.

Çinlilərlə eyni dilə malik dunqanlar Qırğızıstanla Çin arasında iqtisadi, ticarət və siyası əlaqələrin qurulmasında mühüm rol oynayır. 2008—2010-cu illərdə Bişkek icra başçısı Çin istehsalı olan 458 yeni avtobusun alınmasına qərar vermişdir.

1999—2012-ci illərdə Çin Bişkekə 11 mln dollar dəyərində hərbi texnika ixrac etmişdir. 2013-cü ildə isə Pekindən gələn hərbi yardım 17,5 mln dollar dəyərində olmuşdur. zanbaq inqilabı zamanı Çin ordusu iki ölkə arasında sərhədə toplanılır. 2010-cu uildə isə Çin Xarici İşlər Naziri «Qırğızıstandakı vəziyyətlə bağlı dərin narahatlıq keçirdiklərini və ölkədə tezliklə asayışın və stabilliyin bərpa olunacağına ümid bəslədiyini» bildirmişdir. 2010-cu ilin payızında hər iki ölkənin 1000 nəfərlik anti-terror qrupları arasında təlimlər keçirilmişdir.

Qırğızıstanın 1855-1963-cü illərdə Rusiya imperiyasının tərkibinə qatılmasından sonra ərazi mübahisələri Rusiya ilə Çin arasında aparılmışdır. Bu Qırğızıstanın 1991-ci il 31 avqust tarixli müstəqillik qəraına qədər davam etmişdir.

Qırğızıstanla olan sərhəd məsələləri ilə əlaqəli 1864-ci ildə Çuquçak, 1873-cü ildə Qaşqar, 1881-ci ildə Peterburq, 1884-cü ildə Qaşqar anlaşmaları imzalanmışdır. 1964-cü ildə Çin SSRi ərazisi olan bu bölgəyə ərzazi iddiası irəli sürmüşdür. Bu Çin-Hindistan müharibəsində onun uğurlar əldə etməsindən sonra baş verir. 1990-cı ildə Çin və SSRİ arasında olan sərhəddə Xan-Tenqri rayonu ərazisində SSRİ-nin 12 km Çin ərazisinə daxil olması müəyyən edilmişdir. Əslində isə sərhəd zirvələrdən keşməli idi.

16 may 1991-ci ildə SSRİ ilə Çinb arasında sərhəd anlaşması imzalanmışdır. Ancaq bəzi ərazilərin demarkasiyası xəttində sərhədlərin müəyyənləşdirilməsi həyata keçirilməmiş olaraq qalır. Qırğızıstan 31 avqust 1991-ci ildə SSRİ tərkibindən çıxdıqdan sonra 1992-ci ildə Çin sərhədin bəzi ərazilərində sərhəd müəyyənləşməsi aparılmasının vacib olduğunu bildirmişdir. iki ölkə arasında olan demilitasiya anlaşmalarına görə 1996 və 1999-cu illərdə Qırğızıstan Çinə 125 min ha ərazi vermişdir.

Xan-Tenqri rayonunda Çin 457 km² əraziyə iddia edirdi. Anlaşmalar nəticəsində iddia olunan ərazinin 161 km² hissəsi verilir. Bu isə ümumi ərazinin 39 % deməkdir.

Boz-Əmir-Xocent ərazisinə 20 ha ərazi bütünlüklə çinə qaytarılmışdır.

Dövlətin toröpaq itkisi yerrli əhali arasında narazılıqlara və etirazlara səbəb olmuşdur.