Azərbaycanın ilk hərbi pilotu Fərrux ağa Qayıbov olub. O, Birinci Dünya Müharibəsində almanlara qarşı keçirilən hava əməliyyatlarında fəal iştirak edib və indiki Belarus ərazisində gedən döyüşlərdən birində həlak olub.

Azərbaycanın ikinci müstəqilliyi dövründə – 1992-ci ilin aprelin 8-də isə baş leytenant Vaqif Qurbanov keçmiş sovet ordusunun Sitalçay aerodromundan, "Su-25" döyüş təyyarəsini qaçıraraq Azərbaycan ordusuna gətirir. Bununla da Azərbaycan HHQ ilk qırıcı təyarəni arsenalına qəbul edib. Az sonra "Nasosnı" – indiki Hacı Zeynalabdin Tağıyev hərbi aviasiya alayının komandiri, polkovnik Vladimir Kravtsov (Azərbaycan HHQ-nin ilk komandanı) və Dəllər aerodromunda xidmət edən polkovnik-leytenant Aleksandr Pleşin səyləri nəticəsində bu bazalardakı sovet aviasiyasına məxsus təyyarələr Azərbaycan ordusunun tabeçiliyinə verilib. 1992-ci ildən Azərbaycanda HHQ ilə bağlı islahatlar dövrü başlanıb. Həmin il bu qurumun strukturu milliləşdirilib. General-mayor Rail Rzayev HHQ-nin komandanı təyin edilib. Bir qədər sonra HHQ Hava Hücumundan Müdafiə Qoşunları ilə birləşdirilib. General-leytenant rütbəsi alan Rail Rzayev Hərbi Hava Qüvvələri və Hava Hücumundan Müdafiə Qoşunlarının (HHQ və HHMQ) komandanı kimi fəaliyyətini davam etdirib. 2014-cü ildən komandan Ramiz Tahirov'dur.

1994-cü ildə — atəşkəs müqaviləsi imzalandıqdan sonra Azərbaycanda başlanan hərbi islahatlar prosesinin özəyini məhz HHQ və HHMQ təşkil edib. Səbəb aydındır – işğal altında olan Azərbaycan əraziləri yüksək relyefə malikdir və bu əraziləri işğaldan qurtarmaq işində qırıcıların, hərbi təyyarələrin və hava hədəflərini vuracaq texnikaların əvəzi yoxdur. 1997-ci ildə Azərbaycanın Ali Hərbi Təyyarəçilik Məktəbi ilk milli hərbi təyyarəçilərimizin buraxılışına başlayıb. Beləliklə, 2005-ci ildən Azərbaycanda müdafiəyə ayrılmış vəsaitlərin əhəmiyyətli hissəsi məhz HHQ və HHMQ-nin dirçəldilməsinə sərf edildi. 1995-ci ildə — Azərbaycanın illik hərbi büdcəsinin 80–90 milyon dollara yaxın olduğu dövrdə HHQ və HHMQ-yə təxminən bir neçə milyon dollar vəsait ayrılırdısa, 2008-ci ildə bu rəqəmin az qala hərbi büdcənin 15 faizini əhatə etməsi ilə bağlı ehtimallar səslənib. Bu isə 1 milyard 500 milyon manatlıq hərbi büdcənin təxminən 250 milyon manatı deməkdir.

Proqrama uyğun olaraq, 2008–2010-cu illər ərzində HHQ-nin aviaparkının modernləşdirilməsi aparılacaq və HHQ-nin aviaparkı təxminən 50%-dək müasir döyüş təyyarələri hesabına yeniləşdirilmişdir. Hərbi Hava Qüvvələrinin aerodromlarının modernizasiya proqramında Azərbaycanın ən aktiv tərəfdaşı ABŞ-dır. Xatırladaq ki, Azərbaycan və NATO arasında imzalanmış Fərdi Tərəfdaşlıq üzrə Əməliyyat Planı (İPAP) çərçivəsində H.Z.Tağıyev qəsəbəsindəki hərbi aerodrom modernləşdirilib. Eyni zamanda hərbi aerodromlarda uçuşların təhlükəsizliyini təmin etmək məqsədilə xüsusi avadanlıqlar quraşdırılıb, texniki təminat binaları yenidən tikilib və təmir edilib, aerodromun texniki təminatı, paraşüt-desant xidməti və əyləc paraşütlərinin yığılması binalarının inşasına başlanılıb. Əsas start komanda məntəqələri, mühəndislərin idarəetmə məntəqələri və mühəndis aviasiya xidmətinin heyətləri üçün binalar istifadəyə verilib.

2008-ci ilin sentyabr ayından etibarən, HHQ-nin mərkəzi idarəetmə sisteminin modernizasiya olunmasına Türkiyə kömək edib. Türkiyə ilə Azərbaycan arasında əldə olunan razılaşmaya əsasən, burada NATO standartlarına uyğun idarəetmə məntəqəsi yaradılacaq.

Azərbaycanda Rusiya Aerokosmik Qüvvələri tərəfindən idarə olunan Qəbələ RLS də var. Bu RLS Hind okeanına qədər olan ərazidən, yəni təqribən 6,000 km radiusda atılan istənilən raketi aşkar edə bilirdi. Lakin, 2012-ci ilin dekabr ayında Rusiya radarın işləmə müddətini uzatmaqla bağlı danışıqların uğursuzluqla nəticələndiyini bildirdi və RLS fəaliyyətini dayandırdı. Stansiya Azərbaycana geri verildi və RLS-ə aid olan bütün avadanlıqlar Rusiyaya aparıldı.

Azərbaycan HHQ-nin pilotları MDB məkanında ən çox uçuşlar keçirmiş pilotlar sayılır. Azərbaycan pilotları əsasən Azərbaycan Ali Hərbi Təyyarəçilik Məktəbində hazırlanır, Türkiyə, Ukrayna, ABŞ və digər ölkələrin müvafiq ixtisasartırma kursları və təlimlər keçirlər.

Birinci Qarabağ müharibəsində erməni işğalçılarına qarşı apardığımız hərbi əməliyyatlarda da helikopterçilərimiz 1993-cü ilin oktyabrında Kəlbəcərin işğalı zamanı 5 min nəfərin mühasirədən çıxarılmasında misilsiz qəhrəmanlıqlar göstərmişlər. İyul 2019-cu ildə Rəşad Atakişiyev Xəzər dənizi, Zarat kəndində uçuş edərkən qəzaya uğrayaraq şəhid olmuşdur. Hərbi Hava Qüvvələri Aprel döyüşləri'ndə düşmənə uğurlu zərbələr endirmişdir. Döyüşdə Mi-24 helikopterin pilotları Təbriz Musazadə, Əbu Bəkir İsmayılov və Urfan Vəlizadə şəhid olmuşlar. Vətən müharibəsində HHQ tərəfindən düşmənin hava hücumundan müdafiə sistemini məhv etmək məqsədilə "Qarabağ mücrüsü" adlı xüsusi əməliyyat planı hazırlandı. Bu, hərbçilərimizin düşmənin fikrini yayındırmaq üçün müxtəlif variantları idi. Düşmənin bütün növ zenit-raket komplekslərini işə salmağa vadar etmək üçün mövcud olan aviasiya vasitələri havaya qaldırıb kütləvi aviasiya zərbəsini imitasiya edildi. Həmin imitasiya vasitələri düşmənin zenit-raket komplekslərinin məhvetmə zonasına daxil olmadan müxtəlif manevlər edirdilər. Ikinci tədbir kimi, düşmənin fəndi başa düşməməsi üçün Dövlət Sərhəd Xidmətinə məxsus, göyərtəsində pilot olmayan, “kukruznik” kimi tanından AN-2 təyyarələri düşmənin zenit-raket komplekslərinin məhvetmə zonasına yönləndirildi. Plan uğurla icra olundu və ilk günlərdə Hərbi Hava Qüvvələri və Hava Hücumundan Müdafiə Qoşunlarının birgə fəaliyyəti nəticəsində düşmənin hava hücumundan müdafiə sistemlərinin 70 faizi sıradan çıxarıldı.Bayraktar TB2, DSX-nin “IAI Harop”, “Sky Striker” zərbə dronları düşmən hədəflərini anında məhv elədi.

Vətən müharibəsində 2 pilotumuz - Zaur Nudirəliyev və Ramiz Qasımov şəhid oldu və hər ikisi ölümündən sonra Vətən Müharibəsi Qəhrəmanı medalı ilə təltif olundular. Namiq İslamzadə, Elnur Qebedov, Rəşad Nadirov, Səfər Qurbanov, Rəşad Qasımlı da eyni mükafata layiq görüldü. Vətən müharibəsində DSX pilotları Abbas Qasımov və Xalid Gözəlov da ilk günlərdə şəhidlik zirvəsinə ucaldılar.

Azərbaycan Cənubi Qafqaz regionunda maddi-texniki imkanlar baxımından yüksək və ən çox döyüş təyyarəsi olan ölkə sayılır. 2012-ci il məlumatına görə 8.000 nəfər personalın xidmət etdiyi Azərbaycan HHQ arsenalına 200-ə yaxın döyüş təyyarəsi, 160-a yaxın zərbə helikopteri, həmçinin 46 ədəd yardımçı təyyarə və helikopter daxildir. HHQ-nin arsenalında "Aero L-39" təlim-hücumçu, müxtəlif təyinatlı MiQ-21, MiQ-29, Su-24, Su-25, İl-76, An-24, An-12, Tu-134A, Tu-16, , Mi-8, Mi-24, Mi-35M markalı helikopterlər, həmçinin dünyanın tanınmış şirkətlərinin (Aerostar, Orbiter) istehsalı olan pilotsuz uçan aparatlar var.

2006-cı ildə Ukrayna ilə imzalanmış müqaviləyə əsasən Azərbaycan bu ölkədən 29 ədəd modernləşdirilmiş MiQ-29M döyüş təyyarəsi, həmçinin Mi-24 helikopterləri alıb. Azərbaycanla Belarus arasında hərbi-texniki əməkdaşlıq çərçivəsində, Hərbi Hava Qüvvələrimizin MiQ-29 və Su-25 döyüş təyyarələri Belarusun "Müdafiə Təşəbbüsləri" müəssisəsi tərəfindən hazırlanan "Talisman" Gövdə Müdafiə Kompleksi (GMK) ilə də təhciz edilib.

2017-ci ildən etibarən, Pakistan Azərbaycana təlim məqsədilə "Super Mushshak" təyyarələrini təhvil verməyə başlayıb.

2020-ci ilin iyununda isə Türkiyədən yeni Silahli PUA-lar (Bayraktar TB2) alınmışdır.

Bundan başqa, Azərbaycanın Dövlət Sərhəd Xidmətinin aviadəstəsi var ki, burada da əsasən dağlıq ərazilərdə əməliyyat zonalarına desant atmaq, qüvvələri təxliyə etmək və digər məqsədlər üçün istifadə edilən YaK markalı təyyarələr, həmçinin müxtəlif helikopterlər cəmləşib.^{[mənbə göstərin]}

Rusiyalı hərbi-siyasi analitiki Aleksandr Xramçixinin iddiasına görə, Azərbaycan HHQ-yə aşağıdakı hərbi hissələr daxildir:

• 843-cü qarışıq Aviasiya alayı ("Qala" hərbi-hava bazası),
• 416-cı qırıcı-bombardmançı alayı (Kürdəmir),
• 408-ci qırıcı alayı (Zeynalabdin bazası),
• 422-ci kəşfiyyat alayı (Dəllər),
• 115-ci təlim alayı (Sangəçal)
• hərbi nəqliyyat alayı (Zeynalabdin bazası):

• Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin Hərbi Hava Qüvvələri
• Azərbaycan Silahlı Qüvvələri
• Azərbaycan