Zəkiyə Sultan 12 yanvar 1871-ci ildə Dolmabağça sarayında dünyaya gəldi. Atası Sultan Əbdülməcidin oğlu Əbdülhəmid Əfəndi, anası isə onun üçüncü xanımı Bədrifələk Qadınəfəndidir. Atasının taxta çıxmasından bir il sonra 1877-ci ildə Sultan Əbdülhəmidin digər ailə üzvləriylə birlikdə Yıldız sarayına köçürülən Zəkiyə Sultan ilk təhsilini qardaşı Səlim Əfəndi, Sultan Əbdüləzizin övladları Şövkət Əfəndi, Seyfəddin Əfəndi və Əsma Sultanla birlikdə İhlamur sarayında almağa başladı. Burada coğrafiya, din, musiqi və Osmanlı türkcəsi dərsləri alan Zəkiyə Sultan eyni zamanda ingilis və fransız dillərini də öyrəndi.

1887-ci ildə atasının istəyilə Qazi Osman Paşanın böyük oğlu Nurəddin Paşayla nişanlandı. Cütlüyün toy mərasimi 20 aprel 1889-cu ildə Yıldız sarayında baş tutdu. Eyni mərasimlə Sultan Əbdüləzizin qızları Saliha Sultan, Nazimə Sultan və Əsma Sultan da evləndirildilər. Nikah mərasimində bəyin vəkili olaraq dövrün sədrəzəmi Mehmed Kamil Paşa iştirak etdi. Ənənəyə sadiq qalaraq, yeni evli cütlüyə Ortaköydəki Tarlabaşı sarayı təsis edildi və mərasimdən bir gün sonra Zəkiyə Sultan yeni sarayına gəlin köçdü. Cütlüyün bu nikahdan 2 qız övladı dünyaya gəlsə də, böyük qızları Ülviyə Şükriyə xanım Sultan 3 yaşında ikən vəfat etdi. 1898-ci ildə isə ögey bacısı Naimə Sultan qaynı Kəmaləddin Paşayla nikahlandı və onun sarayının qarşısındakı sahilsarayında yaşamağa başladı. Bu səbəblə 2 bacının qarşı-qarşıya baxan sarayları Əkiz köşklər adlanmağa başlandı.

Yaşadıqları Tarlabaşı sarayında əriylə birlikdə tez-tez ziyafətlər verən Zəkiyə Sultan musiqiyə və incəsənətə olan marağıyla yanaşı, xeyriyyəçiliyi ilə də tanınırdı. Ramazan ayı boyunca İstanbulun kasıb məhəllərinə ərzaq yardımları göndərən Zəkiyə Sultan iftara dəvət etdiyi qonaqlarına qiymətli hədiyyələr təqdim edirdi. bundan başqa digər Osmanlı sultanlarının rəhbərlik etdiyi xeyriyyəçilik aksiyalarına da iştirak edir, bu aksiyalara külli miqdarda maddi yardım göstərirdi. Ancaq 1909-cu ildə atası taxtdan endirilərək bəzi ailə üzvləriylə birlikdə Salonikiyə sürgün edildi. O əsnada anası Bədrifələk xanım, qardaşları Səlim Əfəndi və Nuri Əfəndi, eləcə də onların ailə üzvləri bir müddət onun sarayında məskunlaşdılar.

3 mart 1924 tarixli TBMM qərarı ilə digər Osmanlı sülaləsi üzvləri kimi, Zəkiyə Sultan da əri, qızı və nəvələriylə birlikdə sürgünə göndərildi. Sürgün illərini bir çox ailə üzvləri kimi Fransada keçirən Zəkiyə Sultan Pau şəhərində məskunlaşdı. Anası Bədrifələk xanım isə sabiq Osmanlı sultanının dul xanımı olaraq bu sürgün qərarında göz ardı edildi və 1930-cu ildə ölümünədək İstanbul Sərəncəbəy yoxuşundakı köşkündə yaşamağa davam etdi. Sürgündə olduqca çətin günlər keçirən Zəkiyə Sultan Pauda bir erməniyə məxsus otelin kiçik bir otağında illərcə pul vermədən yaşadı. Nəhayət, 13 iyul 1950-ci ildə burada vəfat etdi. Cənazəsi müsəlman bir ölkədə dəfn olunmaq üzrə dərmanlanaraq yaxınlıqdakı kilsənin zirzəmisində 2 il gözlədildi. Ancaq 2 ilin ardından kimsəsizlər məzarlığına dəfn olundu. Hal-hazırda məzar yeri bilinmir.

• Ülviyə Şükriyə xanım Sultan (d. 12 oktyabr 1892 - ö. 23 fevral 1893)
• Fatma Aliyə xanım Sultan (d. 1893 - ö. 14 yanvar 1972, İstanbul) — 1911-ci ildə Misirli Mehmed Muhsin Yeğen ilə evləndi və 2 oğlu oldu.
  • Osman Heydər Yeğen (d. 5 sentyabr 1912 - ö. 1988, Paris) — 1938-ci ildə fransız əsilli Yvonne Rosenberg (ö. 1979) ilə evləndi.
  • Salih Zəki Yeğen (d. 4 sentyabr 1921 - ö. 5 noyabr 1994) — 1972-ci ildə Ülkü Becanla evləndi.
    • Fatma Yasəmən Yeğen (d. 18 sentyabr 1973) — Hakan Bari ilə evləndi.
    • Muhsin Osman Yeğen (d. 14 dekabr 1977)

• Akyıldız, Ali (2018). Son Dönem Osmanlı Padişahlarının Nikâh Meselesi. p. 697
• Adra, Jamil (2005). . p. 32
• . Chronicle Books. 1992. pp. 21. ISBN 978-0-811-80132-4
• Bardakçı, Murat (2017). Neslishah: The Last Ottoman Princess. Oxford University Press. p. 100. ISBN 978-9-774-16837-6
• Brookes, Douglas Scott (2010). The Concubine, the Princess, and the Teacher: Voices from the Ottoman Harem. University of Texas Press. ISBN 978-0-292-78335-5
• Sakaoğlu, Necdet (2008). Bu mülkün kadın sultanları: Vâlide sultanlar, hâtunlar, hasekiler, kadınefendiler, sultanefendiler. Oğlak Yayıncılık. ISBN 978-9-753-29623-6
• Uluçay, Mustafa Çağatay (2011). Padişahların kadınları ve kızları. Ankara: Ötüken. ISBN 978-9-754-37840-5
• Uru, Cevriye (2010). (Master Thesis) (in Turkish)