Çay Kanadanın Yukon rayonunda, Marş gölündən başlıyır. Sonra isə Alyaska ilə sərhədə, şimal-qərb tərəfə axır və Alyaska ştatını iki bərabər hissəyə bölür. Mauntin-Villeci keçendən sonra qollara bölünərək delta yaradır. Çayın təxminən yarısı düzənlik xarakteri daşıyır.

Yukonun dərəsi 30 km qədərdi, çay sularının gur vaxtında 15–20 m qədər qalxır. Maydan sentyabra qədər gəmiçiliyə yararlıdır.

XVIII əsrin sonunda məşhur kanadalı tədqiqatçı və xəz satıcısı hindulardan eşitdi ki, qərbdə kimi böyük çay axır və orda ticarət postu yerləşir. 1792-ci ildə Makkenzi naməlum çaya şəhərindən çatmağa cəhd göstərdi. 550 mil keçdikdən sonra o, qışı keçırtmək üçün Smoki çayı ətrafında fasilə etdi. Həmin ilin yaz fəslində o, səfərini davam etdirdi və 1200 mil keçərək, 2 iyulda Sakit okean sahilinə çatdı. Onun çayı tapmamasının səbəbi, onun Yukondan xeyli cənubda olması idi.

XIX əsrin başlarında nə şərq tərfdən ruslar, nədə qərb tərəfdən britaniyalılar Yukonun orta axıntısının tədqiqatı üçün cəhdlər etmirdilər. Yalnız 1830 ildə Adolf Etolinin başlığı altında rus səyahət briqadası Nort-Sound-u tədqiq etdilər. Növbəti ildə Rus Amerikasının başçısı Vranqel leytenant Tebenkova əmr verdi ki, Sent-Maykl adasında yaşayış məskəni salınsın və bundan sonra, çayın deltasında, məhsəbində və qollarında arayışlar aparıldı.

Çayın aşağı axarını rus dəniz zabiti tədqiq etmişdir.

1843 ildə yuxarı axarına şotland Robert Kempbell çatdı. Kempbell hərəkət edirdi, daha sonra o, sonradan Pelli adlandıracağı çaya keçdi. Bu çayı keçdikdən sonra o çatdı. Robert elə burda durmağı məsləhət bilərək, Makkenzi dayaq məntəqəsinə qayıtdı.

Yukon çayı XX-ci əsrin Klondayk qızıl hərisliyi illərdə məşhur olmuşdur.

«Yukon» sözü Quiçin (Gwich’in) tayfasının dillindən «Böyük çay» kimi tərcümə olunur. Çayın aşağı axıntısı eskimos dillində «Kvikpak» (Böyük çay) adlanırdı. Kvikpak və Yukon çayları bir çay kimi yalnız 1863 ildə sayılmağa başladı. Çayın bütöv hissəsi isə, Alyaskanın ABŞ-yə satılmasından sonra, müəyyən edildi.

Hövzəsinin böyük hissəsi . Bitkiləri bu ağaclardan ibarətdi: ağcaqovaq, tozağacı, qovaq, şam və küknar, tipik fauna təmsilçiləri: , qunduz, adi gəlincik, tülkü, adi vaşaq, canavar və s.

1991 ildə Laberj gölündən qədər olan 46 km sahəyə sahib olan yer Kanadanın qorunmalı olan çaylar siyahısına salınıb.

Çayın sahəsinin böyük olmasına baxmayaraq, onun üstündən yalnız 4 körpü tikilib

• Lyuis körpüsü, (Alaska Highway)
• Robert Kempbell adına körpü, Vaythors
• Yukon River Birdge,
• Y.L.Paton körpüsü, Ferbenks