Yaponiyanın protestantlıq ilə ilk tanışlığı XIX əsrdə baş verib. 1837-ci ildə Yaponiya ilə ticarət etməyə cəhd edən, lakin uğursuz olan ABŞ-yə məxsus Morrison gəmisinin göyərtəsində protestant missionerlər var idi. 1846-cı ildə Okinavanın Naha şəhərində missionerliyə başlamış və buradakı ilk protestant missioner olmuşdur.

1858-ci ildə ABŞ-la imzalanan ölkələr arasında dini əlaqələrin qurulmasına gətirib çıxarmışdır. Nəticədə, 1859-cu ildə Yaponiyaya ilk amerikalı protestant missionerlər gəlmişdirlər. Onların arasında episkopalian , holland islahatçı missionerlər Quido Verbek və , presbiterian və baptist var idi. İlk 10 il ərzində Yaponiya protestantlıq 4 məzhəblə təmsil olunmuşdur: , , və . Bu dövrdə protestantlıq Yaponiyada çox az sürətlə yayılırdı: 1872-ci ilə kimi cəmi 5 yapon baptizmi qəbul etmişdi. Protestant missionerlər ancaq Naqasaki və Yokohamada fəaliyyət göstərirdilər. Buna səbəb Yaponiyada Bibliyanı təbliğ etməyin qadağan olması və ABŞ Vətəndaş müharibəsi idi. 1870-ci ilə kimi Yaponiyada cəmi 15 protestant missioner fəaliyyət göstərirdi. 1860-cı illərdə protestantlığa keçən yaponların arasında ən məşhuru Niicima Co idi. O, 1875-ci ildə ABŞ-dən qayıtdıqdan sonra Kioto şəhərində qurmuşdur. Bu dövrdə protestantlığı qəbul edən azsaylı yaponlar əsasən yapon dili müəllimləri, missioner xidmətçiləri və tələbələr idi.

1870–80-ci illərdə Yaponiyada protestantlığı qəbul edənlərin sayı xeyli artmış, əsasən ABŞ-dən gələn protestant nümayəndələrin təsiri böyümüşdür. 1872-ci ildə protestantlığa keçən yaponlar tərəfindən "Yokohama bandası" adlı qrup təşkil olunmuşdur. Bu qrupa Yokohamada ilk protestant kilsəsini tikdirmişdir. Qrupa , , kimi yaponlar daxil idi. 1870-ci illərdə Yaponiyanın Şizuoka, , Niiqata, Osaka, Kumamoto və Sapporo şəhərlərində, eləcə də, Tokionun , və bölgələrində protestant bandalar təşkil edilmişdir. Bunların içərisində Kumamoto bandası 1876-cı ilin yanvarında 35 tələbənin iştirakı ilə qurulmuşdur və , , kimi üzvləri gələcəkdə Konqressionalist kilsəsinin liderlərinə çevrilmişdirlər. (Mukyoday) qurucusu olan Sapporo bandasının üzvü idi.

1878-ci ildə Yaponiya hökuməti xristianlıqla bağlı bütün məhdudiyyətləri ləğv etmişdir. Protestant kilsələri xristianlığı yaymaq üçün təhsilə diqqət ayırmağa başlamış və missioner müəllimlər cəlb etmişdirlər. Kiotoda Doşişa Universitetinin (konqressionalist), Tokioda isə (metodist), (presbiterian / reformist) və (anqlikan) əsası qoyulmuşdur. Yokohamada Ferris məktəbi (reformist), Tokioda isə Toyo məktəbi (metodist) kimi qız məktəbləri qurulmuşdur.

Meyci dövründə protestantlığa keçənlərin çoxu keçmiş samuraylar idi və xristianlıq nəzəriyyəsi onlara etik, biblioji və qeyri-teoloji xarakteristikalarla təqdim olunurdu. Missioner müəllimlər yeni və ali sivilizasiyaların təmsilçiləri kimi qəbul edilirdi və xristianlıq dini Qərb dünyası ilə əlaqələndirilirdi.

XX əsrdən etibarən yapon protestant missionerlər Mancuriya, Koreya, Tayvan, Sinqapur və Şimali Amerikada da fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. 1922-ci ildə Yaponiyada Milli Xristianlıq Şurası qurulmuşdur. Bu şura əsasən protestant təşkilatları və institutları əhatə etmişdir. 1930-cu illərdə Yaponiyadakı protestantların sayı 300 mini keçmişdir. Həmin dövrdə Toyohiko Kaqava Qərb dünyasında ən çox tanınan yapon protestant hesab olunurdu.

Koreyanın Yaponiya işğalı altında olduğu ilk 10 illiyin sonunda – 1914-cü ildə Koreyada əhalinin cəmi 1,1 %-i (196 min) protestant idi. Koreyanın Yaponiya işğalı altında olduğu son il olan 1945-ci ildə isə bu rəqəb 3 %-ə (740 min) qalxmışdır.

1931–45-ci illər Yaponiyadakı protestantlar üçün çətin dövr hesab olunur. Çünki bu dövrdə Yaponiyada militarist, milliyyətçi və totalitarist hökumət qurulmuş, bir çox xarici mənşəli dinə təzyiqlər edilməyə başlanmışdır. Prostestantlar hökumət tərəfindən şintoizm mərasimlərində iştirak etməyə məcbur edilmişdir. 1940-cı ildə hökumətin bütün protestant məzhəblərini tək kilsə altında birləşdirmək istədiyi məlum olmuşdur. 1941-ci ilin dekabrında birləşmiş Protestant kilsəsi hökumət tərəfindən tanınmışdır. Yaponiyadakı protestant məzhəblər içərisində sadəcə Anqlikan kilsəsi, Yeddinci günün adventistləri, eləcə də, üzvləri bu kilsəyə daxil olmaqdan imtina etmişdir və buna görə dini təşkilat statunu itirmişdir.Sakit okean müharibəsi zamanı bir çox protestant təqib edilmiş və həbs olunmuşdur.

İkinci dünya müharibəsində Yaponiyanın məğlub olmasından sonra bir çox məzhəb Protestant kilsəsini tərk edərək öz kilsələrini qurmuşdur. Müharibədən sonrakı dövrdə Yaponiyaya 2500-dən çox qərbli missioner gəlmişdir. Onların çoxu ABŞ-dəki yüzlərlə kiçik evanqelist kilsənin təmsilçiləridirlər.

• (ingiliscə). I cild. Tokio: Kodansha. 1983. ISBN 0-87011-621-5. İstifadə tarixi: 2022.
• Melton, Gordon. (ingiliscə). Nyu-York: Facts on File. 2005. ISBN 0-8160-5456-8. İstifadə tarixi: 31 may 2022.
• Hillerbrand, Hans. (ingiliscə). II cild. Nyu-York: Routledge. 2004. ISBN 0-415-92472-3. İstifadə tarixi: 30 may 2022.