Məscid hicri təqvimi ilə 1183-cü ildə Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xanın sifarişi ilə tikilib. Məscidin tikintisi başa çatdıqdan sonra bu münasibətlə o dövrdə yaşamış şair Hacı Məhəmməd Çələbi Əfəndi Zari 9 beytdən ibarət bir qəzəl yazıb. Və bu qəzəlin içində qapalı maddeyi-tarixlə məscidin tikilmə tarixini göstərib. Bu qəzəllə yanaşı ədəbiyyatşünas Salman Mümtaz "Riyazül-üləma" sözünün də əbcəd hesabı ilə bu məscidin tikilmə tarixi olduğunu bildirib. Hər iki maddeyi-tarix əbcəd hesabı ilə 1183-ə bərabərdir ki, bu da miladi 1769–1770-ci ilə uyğundur.

Salman Mümtazın qeydlərinə görə, məscid əvvəlcə I Cümə məscidi adlandırılıb, 1780-ci ildə Məhəmmədhüseyn xan Hacı Əbdülqadirlə olan döyüşdə yaralanaraq təslim olmağa məcbur olub. Bir həftə əsirlikdə qaldıqdan sonra isə boğdurmaq yolu ilə edam edilib. Onun nəşi isə özünün tikdirdiyi məscidin mehrabının içində dəfn edilib. Bundan sonra məscid Xan məscidi adlanıb.

1853-cü il aprelin 14-də (bir çox mənbələrdə – maddeyi-tarixlərdə: 1842/43) Şəki Xan məscidi Nuxa bazarı ilə birlidə yanıb. Mustafa ağa Şəkixanovnun yazdığına görə o vaxt bazar və Cümə məscidi ilə yanaşı, məscidin ətrafındakı evlər də yanğına məruz qalıblar. Yanğından sonra, Mustafa ağanın atası Kərim ağa Şəkixanov, bu məscidi bərpa etdirməyə başlayıb, lakin dünyasını dəyişdiyinə görə bu işi sona çatdıra bilməyib.

Sovet işğalından sonra rəsmi sürətdə 1928-ci ildən dinlə mübarizəyə başladılar. Həmin ilin dekabrında Azərbaycan KP MK-i bir çox məscid, kilsə və sinaqoqları maarifləndirici istiqamətlərdə istifadə üçün klubların balansına verdi. Əgər 1917-ci ildə Azərbaycanda 3.000 məscid var idisə 1927-ci ildə bu rəqəm 1.700, 1933-cü ildə isə 17 idi.

Şəki Xan məscidi də işğaldan sonra barama anbarı, "Ziyalılar evi" kimi istifadə edilib.

1968-ci il martın 6-da Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin sərəncamı ilə Şəkinin tarixi Yuxarı baş məhəlləsində "Yuxarı Baş Dövlət Tarix-Memarlıq Qoruğu" yaradılıb. Burada yerləşən Şəki Xan məscidi də qoruğun ərazisinə aiddir.

Məscidin bərpası layihəsi 1981-ci ildə hazırlansa da, sonrakı illərdə heç bir iş görülməyib.

Məscid, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2 avqust 2001-ci ildə verdiyi 132 nömrəli qərar ilə yerli əhəmiyyətli daşınmaz tarix və mədəniyyət abidələrinin siyahısına salınıb.

2001-ci ildən Şəki şəhərinin tarixi hissəsi UNESCO-nun Ümumdünya İrsi siyahısına namizəd seçilib. 2019-cu il iyulun 7-də "Xan Sarayı ilə birgə Şəkinin tarixi mərkəzi" UNESCO-nun Ümumdünya İrs Siyahısına daxil edilib. Qərar Bakı Konqres Mərkəzində keçirilən UNESCO-nun Ümumdünya İrs Komitəsinin 43-cü sessiyasında qəbul olunub. Şəki şəhərinin tarixi mərkəzində yerləşən Şəki Xan məscidi də Ümumdünya İrsinə daxildir.

1992-ci ildə məscid "Yeni Azəri İslam Cəmiyyəti" dini icmasının sərəncamına verilib. Onlar məscidi daim bağlı saxladıqlarına görə və eləcə də icmalarına üzv olmayan digər dindarları ibadətə qoymadıqlarına görə məscid ətrafında mübahisələr baş verib. Bundan başqa icma rəsmi dövlət qeydiyyatından keçməkdən də boyun qaçırıb. 2010-cu ildə Şəki məhkəməsi "Xan məscidi"nin boşaldılaraq mədəniyyət şöbəsinə verilməsi barədə qətnamə çıxarıb. Bir neçə il davam etmiş məhkəmə çəkişmələrindən sonra məscid geri alınaraq Azərbaycan Respublikası Dövlət Turizm Agentliyinin balansına daxil edilib.

Şəki Xan məscidində 2021-ci ilin may ayından etibarən Heydər Əliyev Fondu tərəfindən bərpa işlərinə başlayıblar. Bərpadan əvvəl burada AMEA Arxeologiya və Etnoqrafiya İnstitutunun əməkdaşları tərəfindən tədqiqat işləri aparılıb. Arxeoloji Ekspedisiyaya Zaur Həsənov başçılıq edib. 2021-ci il iyunun 3-də mehrabın altı qazılarkən oradan böyük ölçülü sal daşlar aşkar edilib. Burada bərpa işləri dayandırılıb və Şəki arxeoloji ekspedisiyası tərəfindən yoxlamalar aparıldıqdan sonra həmin hissədə qəbir aşkar olunub. Qəbirdən 52 muncuq və tunc təsbeh başlığının tapılması dəfn olunanın yüksək dini və ya dövlət statuslu şəxs olması ehtimalını təsdiqləyirdi.Salman Mümtazın öz əsərində Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xan Müştağın Xan məscidinin mehrabının altında dəfn edilməsini qeyd etməsi eləcə də digər faktlar aşkarlanan qalıqların üzərində yoxlamaların aparılmasına səbəb oldu. Aşkar olunan skeletdən nümunələr götürülüb, radiokarbon və genetik analizlər aparmaq üçün Oksford Universitetinin laboratoriyasına göndərilib. Aşkar olunan skelet nümunələri və məscid ərazisindəki xan nəslinə aid digər qəbirlərdən götürülən nümunələr əsasında Böyük Britaniya ilə yanaşı, Avstriya, Estoniya və Türkiyədə də tədqiqatlar, genetik analizlər aparılıb. Laborator analizlərin nəticəsinə və AMEA Arxeologiya, Etnoqrafiya və Antropologiya İnstitutunun elmi rəyinə əsasən, aşkar edilən qəbirin Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xana aid olduğu təsdiqlənib.

Məscid kompleksi ərazisindəki bərpa işləri Dövlət Turizm Agentliyinin sifarişi ilə Memarlıq və İnşaat Universiteti tərəfindən hazırlanan layihə əsasında aparılıb. Məscid kompleksinin ilkin görüntüsünü əldə etmək üçün kompleksdə 3D ölçmə işləri aparılıb. Bərpa işləri zamanı iqlim təsirinə görə yararsız hala düşən kərpiclər yeniləri ilə əvəzlənib, yeri bişmiş kərpiclə yenidən döşənib. Minarədə olan kərpicləri eroziyadan mühafizə etmək üçün xüsusi materiallarla izolyasiya qatı yaradılıb. Məscidin ilkin tikintisi zamanı olan pəncərələr və Məhəmmədhüseyn xanın istifadə etdiyi qapı bərpa edilib. Memarların rəyi əsasında şəbəkədən istifadə edilməklə pəncərələrdən ikisinin əvvəlki görüntüsü bərpa edilib.

Məscid tavanının fotosu olmadığından Dövlət Turizm Agentliyinin və layihəçilərin birgə qərarı əsasında Gödək minarə məscidi və Şəki Xan Sarayının tavanında olan şəbəkə quruluşunda yeni tavan yığılıb. Binanın daxili və xarici divarları 1961-ci ilin fotoları əsas götürülərək bərpa olunub.

Məscidin həyətindəki köhnə su hovuzunun əvəzinə yeni hovuz inşa olunub, xeyir-şər evi, dəstəmazxana, inzibati otaqlar tikilib. Həyətdəki Xan çinarları və digər ağaclar ətrafında mühafizə zonası yaradılıb. Məscidin qədim giriş darvazası və pilləkənləri, cənubunda yerləşən Xan qəbiristanlığındakı qəbir daşları bərpa edilib.

Məscidlə yanaşı ətrafdakı bir neçə bina da təmir edilib və burada muzey yaradılıb. Burada Şəki xanlığı dövrünə aid fərqli eksponatlar, müxtəlif mənbələrdən toplanan maddi-mədəniyyət nümunələri təqdim olunur. Muzeyin birinci mərtəbəsində Şəki xanlığı dövrünə aid mis qablar, milli geyimlər, zərgərlik məmulatları, XVIII əsr Şəki tacirlərinin evlərini bəzəyən divar güzgüləri, adət-ənənəyə uyğun olaraq onların qarşısına qoyulan mücrülər, kəlağayı sənətinə aid nümunələr sərgilənir. İkinci mərtəbədə isə Şəki xalçası, müxtəlif xalçaçılıq ləvazimatları, Əbdüllətif Əfəndinin "Şəki xanlarının tarixi" kitabı və Şəki xanlığı dövrünə aid yazılı ədəbiyyatlar, şəbəkə nümunəsi, XVIII əsr Şəki xanlarının dövründə istifadə edilmiş sikkələr, XVIII–XIX əsrə aid silah nümunələri nümayiş olunur.

İkinci mərtəbədə xan otağı yerləşir. Bu hissədə Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xan Müştağın təşkil etdiyi ədəbi məclislərdə istifadə olunan ud musiqi aləti, Məhəmmədhüseyn xanın şahmat taxtası, Şəki xanı Məhəmmədhüseyn xanın taxtının tarixi mənbələrdə olan təsvirləri əsasında 2014–2015-ci illərdə hazırlanmış replikası, Şəki Xan Sarayındakı miniatür təsvirlər əsasında hazırlanmış xanın geyimi, XVIII əsrdə istifadə olunmuş Şəki xanlığının və Şəki xanı Səlim xanın döyüş bayrağı təqdim olunur.

2022-ci il dekabrın 2-də Şəki Xan məscidi kompleksinin bərpadan sonra açılışı olub. Elə həmin gün məscid həm də dindarlar üçün ibadətə açılıb.

Məscidin uzunluğu 45, eni 10 metrdir. Məscidin 21 metrlik minarəsi bişmiş kərpic və əhəng məhlulundan istifadə edilməklə inşa olunub. Tikintisində çay daşı, bişmiş kərpic, əhəng, kirəmit, palıd, fıstıq, qovaq ağacları kimi yerli inşaat materillarından istifadə olunub. Məscidin xarici tağlı qalereyası və minarəsi var. Məscidin yanında Xan qəbiristanlığı yerləşir. Burada Şəki xanları, onların ailə üzvləri və yaxın adamları dəfn olunub.

• Xan qəbiristanlığı
• Yuxarı Baş Dövlət Tarix-Memarlıq Qoruğu
• Şəki Xan qəbiristanlığındakı epiqrafik abidələr

• AzTV
• Real TV
• AzTV