Katiblik, AEBA-nin peşəkar və ümumi xidmət heyətidir. Katibliyə Baş direktor rəhbərlik edir. Baş Direktorlar İdarə Heyəti və Baş Konfrans tərəfindən qəbul edilən tədbirlərin icrası üçün məsuliyyət daşıyır. Baş direktor İdarə Heyəti tərəfindən seçilir və yenilənən dörd illik müddət üçün Baş Konfrans tərəfindən təsdiq edilir. Nüvə enerjisi, nüvə təhlükəsizliyi, nüvə elmləri və tətbiqi, təhlükəsizlik tədbirləri, texniki əməkdaşlıq və idarəetmə üzrə Direktorlar Şurası AEBA-nın siyasətinin həyata keçirilməsində faktiki işlər aparan altı şöbəyə nəzarət edir.

AEBA ümumiyyətlə üç əsas missiyaya malikdir:

AEBA Nizamnaməsinin II Maddəsinə əsasən, AEBA-nın məqsədi "atom enerjisinə dünya miqyasında sülh, sağlamlıq və tərəqqiyə qatqı vermək və genişləndirməkdir". Maddə III-ə əsasən bu sahədə fəaliyyət göstərən əsas vəzifələr üzv dövlətlər üçün tədqiqat və inkişafı təşviq etmək, üzv dövlətlərə maddi, xidmət, avadanlıq və qurğuları təmin etmək, elmi-texniki informasiya və təlim mübadiləsini təşviq etməkdir.

Onun resursları digər iki prioritetdə istifadə olunur: texniki əməkdaşlıq və nüvə silahlarının yayılmasının qarşısını almaq.

AEBA özü deyir ki, 1986-cı ildən etibarən, Çernobıl yaxınlığında nüvə reaktorunun partlaması və fəlakətə cavab olaraq, AEBA nüvə təhlükəsizliyi sahəsində səylərini artırdı.