Tədqiqatçıların fikrincə [[Azərbaycan]]ın təbii-coğrafi mühiti, relyefi, ən azı üç milyon il bundan əvvəl formalaşıb və ən qədim insanın yaranması, formalaşması üçün əlverişli şərait olubdur. Ərazidən tapılan qədim [[paleolit]] abidələri bu bölgənin insanın əmələ gəlməsi regionlarından olmasını təsdiqləyir. [[Töyrətəpə]], [[Şomutəpə]], [[Qarğalar təpəsi]] və s. bu kimi qədim yaşayış məskənlərində aparılmış arxeoloji araşdırmalar e.ə. VI-V minilliyi əhatə edən bir dövrdə əkinçiliyin, maldarlığın inkişaf etməsini, oturaq həyat tərzinin formalaşmasını və misdən soyuq döymə üsulla müxtəlif əşya və bəzəklərin düzəldiyini aşkar etmişdir. Hazırda rayonun Aşağı Göycəli kəndi ərazisində neolit-tunc dövrünü əhatə edən Töyrətəpə yaşayış yeri, [[Dağ Kəsəmən]] kəndi ərazisində tunc-ilk dəmir dövrünə aid olan qədim yaşayış yeri və qəbiristanlıq (Çoban daşı) kimi dünya əhəmiyyətli abidələr mövcuddur. Rayon ərazisində çoxlu sayda qədim məscidlər var. Bundan başqa [[Qafqaz Albaniyası]] kilsəsi kimi tikilmiş [[Keşiş dağ məbədi]] də Ağstafada yerləşir.

[[Qarabağ müharibəsi]] dövründə Ağstafa rayonu 163 nəfər şəhid vermişdir. Onlardan beş nəfəri Milli Qəhrəman adına layiq görülmüşdür.<ref>[http://qazaxib.az/2019/03/04/s%C9%99hidl%C9%99r-tariximizin-sanli-s%C9%99hif%C9%99sidir/ Şəhidlər tariximizin şanlı səhifəsidir]</ref> [[2004]]-cü ildə rayonun inzibati bölgüsündə dəyişiklik edilərək yeni yaşayış məntəqələri qeydiyyata alınmışdır. Uzun illər Xutor adlanan yaşayış məntəqəsi [[Ağgöl]] adlandırılaraq rayonun yaşayış məntəqələri siyahısına daxil edilmişdir.