Zoopark fəaliyyətinə Təbiət Tarixi Milli Muzeyinin heyvanxanası kimi başlamışdır. 1881-ci ildə heyvanxananın səlahiyyətləri təbiətşünas ötürülmüşdür. O, heyvanxananı ictimai zooparka çevirmişdir. Ərazi imperiya ailəsinin mülkü olsa da, 1924-cü ildə Hirohitonun toyu münasibətilə Ueno parkı ilə birlikdə bələdiyyəyə verilmişdir.

1943-cü ilin avqustunda Tokio administratoru Şiqeo Odaçi zooparkdakı bütün "vəhşi və təhlükəli heyvanlar"ın öldürülməsini əmr etmişdir. O, Tokionun bombardmanı zamanı zooparkın da zərər çəkəcəyini, heyvanların Tokio küçələrinə düşəcəyindən ehtiyat etmişdir. Zoopark işçiləri əmri təxirə salmağı və ya heyvanları təxliyə etməyi təklif etsələr də, təklifləri rədd edilmişdir. Heyvanlar əsasən zəhərlənərək, boğularaq və ya ac buraxılaraq öldürülmüşdürlər. 1943-cü ilin sentyabrında heyvanlar üçün memorial xidmət keçirilmiş (bu zaman fillərdən ikisi hələ də aclığa tab gətirməyə çalışırdı) və daimi memorial (1975-ci ildə yenilənib) qoyulmuşdur.

Tokionun 1945-ci ilin martında bombardman edilməsindən qısa müddət sonra yaponlar naviqatoru və bombardmançısı Rey "Hep" Helloranı lüt vəziyyətdə pələng qəfəsinə qoyaraq ictimaiyyətə nümayiş etdirmişdir.

Hazırda zoopark heyvanlar üçün vəhşi təbiətə bənzər mühit yaratmağa çalışır. Son illərdə köhnə qəfəslər müasir areallarla əvəz olunmuşdur. İki bədbəxt hadisədən sonra 1999-cu ildə qorillalar üçün ayrıca areal salınmışdır.

Zooparkda 400-dən çox növə mənsub 3000 heyvan saxlanılır. Sumatra pələngi və qərbi düzənlik qorillası zooparkın nadir heyvanlarındandırlar. Ueno zooparkı Yaponiyada ən çox sərgilənən heyvana malik zooparkdır.

Zooparkda zebralar, yapon əntərləri, ağquyruq dəniz qartalları, kral pinqvinləri, yapon durnaları, keçilər, qoyunlar, lamalar, donuzlar, dəvəquşular və dovşanlar saxlanılır.

Heyvanların Tokionun digər zooparkları ilə yenidən bölüşdürülməsi zamanı Ueno zooparkı şirsiz qalmışdır. Lakin ictimaiyyətin tələbindən sonra zoopark rəhbərliyi dişi şir götürmüşdür.

2008-ci ildə böyük panda ölümündən sonra Ueno zooparkı 1972-ci ildən sonra ilk dəfə pandasız qalmışdır. 2011-ci ilin fevralında Çinin iki yeni böyük panda gətirilmişdir. Erkək panda Billinin adı Lili olaraq dəyişdirilmişdir. Dişi panda Siennyunun adı isə Şinşin olaraq dəyişdirilmişdir. Yeni adlar ictimaiyyətin səsverməsi ilə müəyyənləşdirilmişdir.

Zooparkda saxlanılan digər heyvanlara Asiya şirləri, ağ ayılar, Asiya filləri, qorillalar, , Sumatra pələngləri, susamurları, adi tülkülər, yarasalar, , tapirlər, kenqurular, Kaliforniya dəniz şirləri, koalalar, pinqvinlər, Malay ayıları, , flaminqolar, , , çöl tülküləri, , begemotlar, okapialar, , başmaq dimdikli leyləklər, timsahlar, tısbağalar, , , tupiklər, qara kərgədanlar aiddir.

• Itoh, Mayumi (2010). Japanese Wartime Zoo Policy: The Silent Victims of World War II. Palgrave-MacMillan. ISBN 978-0230108943.
• Miller, Ian Jared (2013). The Nature of the Beasts: Empire and Exhibition at the Tokyo Imperial Zoo. University of California Press.

•   Vikianbarda Ueno zooparkı ilə əlaqəli mediafayllar var.
• — Ueno zooparkının rəsmi saytı