Tofiq Zülfüqarov 1 noyabr 1959-cu ildə Rusiyanın Rostov şəhərində anadan olmuşdur. Ailəsi 1961-ci ildə Bakıya köçmüşdür. 1966–1976-cı illərdə Bakıda 93 saylı orta məktəbdə oxumuşdur. 1976-cı ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin Şərqşünaslıq fakültəsinə daxil olmuş, 1981-ci ildə oranı bitirmişdir. 1981‐ci ildə SSRİ Silahlı Qüvvələri sıralarına çağırılmış, Yəmən Xalq Demokratik Respublikasının paytaxtı Ədən şəhərində yerləşən Sakit okean hərbi‐dəniz donanmasında xidmətə göndərilmişdir. Ezamiyyət dövründə hərbi‐dəniz donanmasının rabitə qərargahının zabiti vəzifəsini yerinə yetirmiş, eyni zamanda 8‐ci operativ bölməyə rəhbərlik edən rabitə zabiti olmuşdur. YXDR hərbi qüvvələrinin xatirə medalı ilə təltif olunmuş, komandanlıqdan bir sıra fərmanlar almışdır. 1984‐cü ildən ehtiyatda olan zabitlər sırasına daxil olmuşdur. 1984–1985-ci illərdə komsomol komitəsində işləmişdir. 1985-ci ildə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Şərqşünaslıq İnstitutunun Ərəbşünaslıq şöbəsində işləməyə başlamışdır. 1988-ci ildə Qarabağ təşkilat komitəsində Qarabağ problemi ilə məşğul olur. 1991-ci ildə Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının Tarix İnstitutunun Politologiya şöbəsində elmi işçi olmuşdur.

1988‐ci ildə erməni‐azərbaycanlı münaqişəsinin yaranmasından sonra digər elmi işçilərlə birlikdə Azərbaycan KP MK‐nın ekspert‐analitik qrupuna göndərilmişdir. Bu dövr ərzində DQMV‐də separatçı qüvvələrə qarşı təbliğat‐təşviqat işini təşkil etmək üçün uzun müddətə Xankəndi, Ağdam, Şuşa və Laçına getmişdir. 1992‐ci ildə ATƏM erməni‐azərbaycanlı münaqişəsini nizamlamağı öz üzərinə götürdükdən sonra T. Zülfüqarov Azərbaycan Respublikası Xarici İşlər Nazirliyinə işə göndərilmişdir. 1992‐ci ilin mayından fövqəladə danışıqlar mərhələsində iştirak etmək üçün Romaya gedən nümayəndə heyətinin tərkibinə qatılmışdır. Eyni zamanda münaqişənin Rusiya və Qazaxıstanın, həmçinin İranın vasitəçilik səyləri altında nizamlanması istiqamətində aparılan danışıqlarda iştirak etmişdir. 1994‐cü ilin martında Xarici İşlər Nazirliyində şöbə müdiri işlədiyi bir vaxtda erməni‐azərbaycanlı münaqişəsinin nizamlanması üzrə danışıqlarda sülh müqaviləsinin mətninə müxtəsər imza qoymaq səlahiyyətlərini alaraq nümayəndə heyətinə başçı təyin edilmişdir. Bu dövrdə gedən bütün danışıqlarda iştirak etmiş, eyni zamanda Azərbaycan Xarici İşlər Nazirliyinin erməni‐azərbaycanlı münaqişəsinin və münaqişəli vəziyyətlərin həlli üzrə idarənin rəhbəri olmuşdur.

1994‐cü ilin iyununda Azərbaycan Respublikası xarici işlər nazirinin müavini təyin olunmuşdur. Bu dövrdə dünyanın onlarla ölkəsində keçirilən beynəlxlaq tədbir və danışıqlarda nümayəndə heyətinə rəhbərlik etmişdir. 1998‐ci ilin yanvarında Azərbaycan Respublikası prezidenti H. Əliyevin fərmanı ilə Zülfüqarov Tofiq Nadir oğluna Fövqəladə və Səlahiyyətli səfir ali diplomatik rütbəsi verilmişdir. 1998‐ci il martın 5‐də Azərbaycan Respublikasının xarici işlər naziri təyin olunmuşdur. Mərkəzi aparatın və Azərbaycan Respublikası səfirliklərinin tam kompüterləşdirilməsi prosesi başa çatmışdır. T. Zülfüqarov Türkiyə, Rusiya, AFR, Fransa və Gürcüstana rəsmi səfər edərək bu dövlətlərlə ikitərəfli əlaqələrin inkişafına töhfə vermişdir. T. Zülfüqarovun bu müddətdə Türkiyə, Rusiya, ABŞ, Belçika, Lüksemburq, Norveç, Danimarka, Böyük Britaniya, Qazaxıstan, Türkmənistan və s. dövlətlərə işgüzar səfərləri olmuşdur. Xarici İşlər Nazirliyində işlədiyi dövrdə əsasən Qarabağ probleminin həlli ilə məşğul olmuşdur.

1995‐ci ildə o, ilk dəfə BMT Baş  Assambleyasının sessiyasında nümayəndə heyətinin üzvləri tərkibində iştirakçı olmuş, 1998‐1999‐cu illərdə Azərbaycan nümayəndə heyətinə rəhbərlik edərək BMT Baş Assambleyasının sessiyasında nitq söyləmişdir. Sessiyanın gedişində ABŞ, Türkiyə, İran, Qazaxıstan, Gürcüstan, Litva, Türkmənistan və s. ölkələrin xarici işlər nazirləri ilə görüşmüşdür. Sessiyada iştirakından sonra ABŞ‐a işgüzar səfər zamanı Vaşinqtonda Konqres, Dövlət Departamenti, Müdafiə Nazirliyi, həmçinin Strateji tədqiqatlar mərkəzi, Hopkins İnstitutu, Stenford İnstitutu kimi elmi mərkəzlərdə çoxsaylı görüşlər keçirmişdir. Bu səfərlərdə ABŞ‐ın kütləvi informasiya vasitələri, "Nyu‐York Tayms", "Vaşinqton Post", "Amerikanın səsi" ilə iş aparmış, ABŞ‐da yəhudi, türk və Ukrayna diasporalarının rəhbərləri ilə görüşmüşdür. Bu görüşlərdə erməni‐azərbaycanlı münaqişəsi haqqında əsl həqiqətləri geniş amerikan ictimaiyyətinə çatdırmaq məqsədilə əməkdaşlığın forma və metodları müəyyən edilmişdir.

T. Zülfüqarov Azərbaycan nümayəndə heyətinin rəhbəri kimi Avro‐Atlantik Əməkdaşlığı Şurasının işində iştirak etmişdir. Adı çəkilən tədbirlərdə, həmçinin xarici dövlətlərin bir sıra nazirləri, o cümlədən Türkiyə, Böyük Britaniya, Bolqarıstan, GUÖAM ölkələrinin xarici işlər nazirləri ilə də görüşlər keçirmişdir. Bütün tədbirlərdə olduğu kimi GUÖAM ölkələrinin xarici işlər nazirləri ilə daimi iş koordinasiyasının təşkil edilməsi mühüm məsələ idi. Bu görüşlər BMT, MDB, ATƏT‐in Baş Assambleyaları kimi bütün beynəlxalq təşkilatlarda keçirilmiş və daimi xarakter daşımışdır.

1998‐ci ilin iyununda T. Zülfüqarov İƏT Nazirlər Şurasının sədri seçilmişdir. Nazirlərin görüşü Bakıda keçirilmişdir. 1998‐ci ilin oktyabrında sədr vəzifəsini icra edərkən Nyu‐Yorkda Nazirlər Şurasının sessiyası, həmçinin İƏT və ASEAN sədrlərinin müştərək iclası keçirilmişdir.

Azərbaycan Respublikası prezidenti H. Əliyevin 1998‐ci il 26 oktyabr tarixli 6 №‐li fərmanı ilə T. Zülfüqarov yeni hökumətdə xarici işlər naziri vəzifəsini təkrarən tutmuşdur.

O, ATƏT ölkələri xarici işlər nazirlərinin Osloda keçirilən görüşündə iştirak edən nümayəndə heyətinə rəhbərlik etmişdir. Bu görüşün gedişində Polşa, Norveç, Danimarka, Fransa və s. dövlətlərin xarici işlər nazirləri ilə çoxsaylı görüşlər keçirmişdir. Danışıqların əsas məzmununu ikitərəfli münasibətlər, erməni‐azərbaycanlı konfliktinin nizamlanması problemləri təşkil etmişdir. Bakıda və xaricdə ATƏT‐in Minsk qrupunun həmsədrləri ilə görüşlər keçirmişdir.

1999‐cu ilin oktyabrında Azərbaycan Respublikasının xarici işlər naziri Tofiq Zülfüqarov istefaya getmişdir. İstefadan sonra T. Zülfüqarov fəal ictimai‐siyasi fəaliyyətini davam etdirmişdir. Digər təşəbbüskarlarla yanaşı onun tərəfindən də erməni‐azərbaycanlı konfliktinin nizamlanmasında Azərbaycanın mövqeyini əks etdirən prinsipləri özündə cəmləşdirən "Ümummilli xartiya"ya dəstək olaraq imzaların toplanması üzrə ictimai hərəkat başlanmışdır. Adı çəkilən xartiyanı bütün siyasi partiyalar, ictimai təşkilatlar, həm Azərbaycanda, həm də xarici ölkələrdə azərbaycanlıları birləşdirən təşkilatlar, görkəmli ictimai‐siyasi xadimlər, yaradıcı ittifaqlar dəstəkləmişlər. "Ümummilli xartiya" əslində referenduma çevrilmişdir.

T. Zülfüqarov Azərbaycanda akkreditə olunmuş diplomatik korpusun nümayəndələri və ictimai‐siyasi xadimlərlə görüşlərini fərdi qaydada davam etdirmişdir. Şimali Kipr Türk Respublikası rəhbərliyinin dəvəti ilə bu dost ölkəni ziyarət edərək prezident Rauf Denktaş başda olmaqla bir sıra şəxslərlə görüşmüşdür. Con Hopkins İnstitutunun dəvəti ilə Cənubi Qafqaz dövlətlərində cərəyan edən siyasi proseslərlə bağlı Vaşinqtonda keçirilmiş beynəlxalq konfransda iştirak etmişdir. Dəfələrlə Ermənistan və Azərbaycanın ictimai xadimlərinin Katerinq amerikan fondu və Rusiya strateji tədqiqatlar mərkəzi tərəfindən təşkil olunan görüşlərində iştirak etmişdir. Müntəzəm olaraq yerli və  beynəlxalq mətbuat orqanlarında erməni‐azərbaycanlı münaqişəsi və Azərbaycan ətrafında baş verən beynəlxalq proseslərlə bağlı müsahibələrlə çıxış etmişdir.

Rus, ərəb və ingilis dillərini bilir.

Tofiq Zülfüqarov müsahibələrində xarici işlər naziri Elmar Məmmədyarovu qeyri-peşəkarlıqda, vəzifəsinin öhdəsindən gələ bilməməkdə ittiham edib. O, Məmmədyarovun rəhbərliyi altında Azərbaycanın xarici işlər nazirliyində böhranlı vəziyyətin yarandığını, savadlı kadrların sıxışdırılaraq onların yerlərinə nalayiq şəxslərin gətirildiyini bildirib.