Tofiq Hümbət oğlu Nəcəfli 1960-cı ildə Füzuli rayonunun Aşağı Seyidəhmədli kəndində anadan olmuşdur. 1982—1987-ci illərdə Azərbaycan Dövlət Universitetinin (hazırda Bakı Dövlət Universiteti) tarix fakültəsini əla qiymətlərlə bitirmişdir. 1990—1993-cü illərdə AMEA A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun aspiranturasında təhsil almış və 1993-cü ildə həmin İnstitutun «Azərbaycanın orta əsrlər tarixi» şöbəsinə kiçik elmi işçi vəzifəsinə qəbul olunmuşdur. 1994-cü ilin iyununda «Qaraqoyunlu və Ağqoyunlu dövlətlərinin tarixi müasir türk tarixşünaslığında» mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmişdir.

Hazırda A.A.Bakıxanov adına Tarix İnstitutunun elmi işlər üzrə direktor müavini, “Azərbaycanın orta əsrlər tarixi” şöbəsinin aparıcı elmi işçisidir.

Onun «Qaraqoyunlu və Ağqoyunlu dövlətlərinin tarixi müasir türk tarixşünaslığında» (Bakı, 2000), “Qaraqoyunlular və Ağqoyunlular” (Təbriz, 2012) və “Azərbaycan Qaraqoyunlu və Ağqoyunlu dövlətləri” (Bakı, 2012) adlı monoqrafiyaları çap olunmuşdur. Bununla yanaşı, o, 6 elmi-metodik kitabın və dərs vəsaitinin, habelə 100-dən artıq elmi məqalənin müəllifidir. Türkiyə, Çexiya, Rusiya Federasiyası və İran İslam Respublikasında keçirilmiş beynəlxalq elmi konfranslarda iştirak etmişdir. Türkiyə, İran, Argentina və Rusiyada onun elmi məqalələri çap olunmuşdur. O, nəşr olunmuş “Qubadlı: Azərbaycan torpağı Zəngəzurun qapısı” və çapa təqdim olunan iki cildlik «Naxçıvan tarixi» monoqrafiyasının həmmüəlliflərindən biridir. T.H.Nəcəfli həmçinin «Azərbaycan tarix atlası»na (Bakı, 2007) daxil olan XV-XVII əsrlər Azərbaycan tarixinə dair 7 xəritənin həmmüəllifidir. O, «Azərbaycan Səfəvi dövlətinin xarici siyasəti müasir Türkiyə tarixşünaslığında» adlı doktorluq mövzusu üzərində işi başa çatdırmış və müdafiə etmişdir. 2017-ci ildə tarix üzrə elmlər doktoru elmi dərəcəsini almışdır. 

T.H.Nəcəfli Bakı Dövlət Universitetinin Tarix fakültəsində orta əsrlər tarixini tədris edir. O, həm də magistraturada “Xalqların böyük köçü və Azərbaycan” mövzusu üzrə mühazirələr oxuyur.

O, 1998-ci ildə müqəddəs Həcc və Kərbəla, 2001-ci ildə isə Məşhəd ziyarətlərində olmuşdur. Ailəlidir, iki övladı var.

1. Azərbaycan tarixi. Abituriyentlər üçün vəsait. Bakı, Kür, 1999, 132 s.
2. Qaraqoyunlu və Ağqoyunlu dövlətlərinin tarixi müasir türk tarixşünaslığında. Bakı, Çaşıoğlu, 2000, 197 s.
3. Azərbaycan tarixi. Abituriyentlər üçün vəsait. Bakı, Kür, 2001, 142 s.
4. Tarixin interaktiv təlimi. Bakı, Çaşıoğlu, 2002, 128 s. (R.Məlikovla birgə).
5. Orta əsrlər tarixi (7-ci sinif). Müəllimlər üçün vəsait. Bakı, Yeni nəsil, 2003, 128 s. (R.Məlikovla birgə)
6. Əmir Teymur. Bakı, Yeni nəsil, 2002, 16 s. (R.İsmaylovla birgə).
7. Azərbaycan tarixi. Test tapşırıqları. Ümumtəhsil məktəblərinin 10-cu sinfi üçün dərs vəsaiti. (Həmmüəllif). Bakı, 2003, 184 s.
8. Ə.Z.V.Toqan. Azərbaycan. Azərbaycan dilində çapa hazırlanmışdır (M.Ənsərli ilə birgə). Bakı, Ocaq, 2007, 88 s.
9. Azərbaycan Qaraqoyunlu və Ağqoyunlu dövlətləri. Bakı, Çaşıoğlu, 2012, 604 s.
10. قاراقویونلوها و آغقویونلوها. تبریز. نشر اختر (Qaraqoyunlular və Ağqoyunlular. Təbriz, Əxtər nəşriyyatı), 2012, 176 s.
11. Azərbaycan Respublikasında təhsil alan xarici tələbələr üçün Azərbaycan tarixi. Dərs vəsaiti. (Bilal Dədəyevlə həmmüəllif). Bakı, 2013, 287 s.
12. Qubadlı: Qədim Azərbaycan torpağı Zəngəzurun qapısı. Bakı, 2013, səh. (həmmüəllif)
13. Gubadly the ancient Azerbaijani land Zangazurs gateway. Baku, Turxan, 2013 (həmmüəllif).
14. Губадлы. Ворота древней Азербайджанской земли Зангезура. Баку, Турхан, 2013 (həmmüəllif)