Amudərya, ümumiyyətlə, Orta Asiyanın və xüsusən də Türkmənistanın ən əhəmiyyətli çayıdır. Türkmənistanda Amudərya şərq sərhəd bölgəsindən təxminən 1000 km boyunca axır və buxarlanma, filtrasiya, suvarma və digər iqtisadi ehtiyaclar üçün suyunun əhəmiyyətli hissəsini (2000 m3 / saniyəyə qədər) itirir. Buzlaqların əriməsi səbəbindən çayda daşqınlar ilin ən isti aylarında (iyul-avqust), suya tələbatın artdığı, az su dövrlərində müşahidə olunur. Amudəryanın solundakı Nukus şəhərinin ərazisindəki Kunya Dəryanın qədim qolu, Sarıqamış çökəkliyinə doğru istiqamətlənir. Çay deltasının suvarma kanallarından pestisidlərlə doymuş tullantılar da oraya atılır. Amudəryanın köhnə çay yataqları da məlumdur, bunlar arasında Uzboy, Kelifian Uzboy və başqaları qeyd olunur. Çay hövzəsindəki ən böyük türkmən şəhərləri Çardjou (Türkmənabad) və Daşoğuzdur (Taşhauz). Amudərya çayının suyundan ölkəni şərqindən qərbinə doğru axan Qaraqum kanalı da bəslənir.

Uzboy quruduqdan sonra, Türkmənistanda indi yalnız bir çay Xəzər dənizi hövzəsinə aiddir - Sumbar və Çandır adlı qolları olan Ətrak çayı. XIX əsrin sonlarından bəri Xəzər dənizinə Ətrak suları yaz daşqınları zamanı ildə yalnız 2-5 ay çatırdı. Qalan vaxtda suvarma üçün istifadə edilirdi. Kopetdağda buzlaqların olmaması səbəbindən Ətrak qar və yağış sularından qidalanır və buna görə də may ayında hövzəsi böyüməyə başlayır.

Türkmənistan hidroqrafiyasında xüsusi yeri iki qrupa bölünən daxili su hövzələri tutur. Bir tərəfdən bunlar nisbətən iki böyük: fan konuslarında "suvarma sistemləri" meydana gətirən və Qaraqum çölünün qumlarında itən Murqab və Tecen çaylarıdır. Əfqanıstan və Türkmənistan ərazisində suvarma üçün istifadə edilməsəydi, bu çayların suları Amudərya hövzəsinə çatardı. Tecen çayının suları Əfqanıstanda Herat vahəsində istifadə olunur.

İkinci axın qrupuna Kopetdağın şimal yamacından axan çaylar daxildir. Bunlardan ən əhəmiyyətlisi Keliat-Çay, Qızıl-Arvat, Quza, Kessy, Arvaz, Aşqabad, Qelti-Çinar, Firyuzinka, Altıyab, Sekizyab, Beurminka, Qarasuçay, Kozqançay, Duşaq, Minəçay və digər kiçik çaylar daxildir. Orta illik su sərfi 10 ilə 100 l / saniyə arasındadır. Bunlardan ən böyüyü Keliat -Çay çayıdır ki, orta hesabla cəmi 0,6 m³/san axıntıya malikdir. Kopet-Dağın şimal yamacındakı çayların ümumi su sərfi təxminən 11 m³/san-dir. Bunların hamısı suvarma və əhalinin su təminatına aiddir. Onların əksəriyyəti hazırda Qaraqum kanalına axır. Qalanları səhraya axıdılır. Bu çayların yalnız bir neçəsi əsasən yeraltı su təchizatına malikdir və buna görə də il ərzində sabit su sərfinə malikdir. Kopetdağın qərb yamaclarından bahar yağışından və əridilən qardan sonra müvəqqəti fırtınalı çaylar - "sais" dərələrdən aşağı axır. Uzunluğu 10 km və ya daha çox olan ən az 15 çay bilinir. Bəzilərində (Qayurli və Qızıq) suyun saxlanılması üçün bəndlər tikilmişdir.