Ruqiyə Sultan 1639-cu ildə Topqapı sarayında dünyaya gəldi. Atası Sultan Murad, anası isə Hasəki Ayşə Sultandır. Hələ 1 yaşında ikən atası vəfat etdi və əmisi Sultan İbrahimin taxta çıxmasıyla Ruqiyə Sultan nənəsi Validə Kösəm Sultanın, onun 1651-ci ildə öldürülməsindən sonra isə Validə Turhan Sultanın himayəsinə verildi. Validə Turhan Sultanın istəyilə 1663-cü ildə vəzir Mələk İbrahim Paşayla nigahlanan Ruqiyə Sultanın bu nigahdan 2 qızı dünyaya gəldi.

Ərinin 1685-ci ilin dekabrında edam edilməsinin ardından çox yaşamayan Ruqiyə Sultan 1696-cı ilin martında vəfat etdi və cənazəsi Sultan Əhməd türbəsinə atasının yanına dəfn olundu.

• Ayşə xanım Sultan (ö. 1717)
• Fatma xanım Sultan (ö. 1727) — 1698-ci ildə Şam bəylərbəyi Bığlı Mehmed Paşayla nigahlandı. Oğlu Səid Mehmed bəy Sarı Mustafa Paşa və Saliha Sultanın qızı Xədicə xanım Sultanla evlənmiş, Seyid Xəlil bəy (ö. 6 aprel 1782) adlı oğlu dünyaya gəlmişdir.

• Uluçay, Mustafa Çağatay (2011). Padişahların kadınları ve kızları. Ankara, Ötüken. p. 140
• Hafiz Hueseyin Ayvansaray-i (2000). The Garden of the Mosques: Hafiz Hüseyin Al-Ayvansarayî's Guide to the Muslim Monuments of Ottoman Istanbul. Brill. pp. 10, 25
• Sakaoğlu, Necdet (2008). Bu mülkün kadın sultanları: Vâlide sultanlar, hâtunlar, hasekiler, kadınefendiler, sultanefendiler. Oğlak Yayıncılık. ISBN 978-9-753-29623-6