639-cu ildə müsəlmanlar tərəfindən xristianlardan alınan şəhərin adı Kallinikosdan Rəqqə olaraq dəyişdirildi. Abbasi xəlifəsi Harun ər-Rəşid Rəqqəni paytaxt olaraq istifadə etmişdir. Şəhər o vaxt önəmli bir mədəniyyət və elm mərkəzi olmuşdur. Osmanlının vaxtında sancaq olan Rəqqəyə Mosul kimi indi İraq sərhədlərində olan şəhərlər də bağlıydı və Osmanlı dövlətinin təyin etdiyi və indiki Şanlıurfada yerləşən bir Osmanlı qubenatoru tərəfindən idarə edilirdi.

Osmanlıların türkmənləri sürgün etdikləri Rəqqə bölgəsi haradır? Rəqqə əyaləti Bəydili və Avşar boyunun sürgün yeridir. Ruha əyaləti olaraq da tanınan Rəqqə bölgəsi 1516-cı ildə Osmanlı ölkəsinin tərkibinə qatıldı. Diyarbəkir ilə Hələb əyalətləri arasında qalan bölgə mərkəzi Urfa olmaq üzrə 6 sancaqdan ibarət olan Rəqqə bəylərbəyliyində 37 feod və 616 timar var idi. Osmanlı idarəetməsi bu bölgə üçün özəl məskən siyasəti tətbiq edərkən Bəydili və Bozulus türkmənlərini Fərat boyunca yerləşdirmə cəhdləri uğursuz oldu. Köçəri nizamları da pozuldu. Türkmənlərə ərəb tayfaları qulduru hücumları da istiqrarı pozanda 18-ci əsrdə qarışıqlıqlar gedərək artdı. 19-cu əsrdə meydana gələn ayaqlanmalar ilə Misir xədivi İbrahim paşanın bölgəni alması nəticəsində türkmən tayfalar ətrafda az bir əhali qoyaraq dağılışdılar, 1840-cı ildə bölgə təkrar osmanlılara keçəndə Rəqqə əyaləti götürülərək Urfa, Hələb vilayətinə bağlı bir sancaq oldu.

Əhməd Refiq Anadoludan türk tayfalarının 966-1559 ilə 1200-1786 müddətində Rəqqə çöllərinə və digər yerlər sürgünləri ilə bağlı yayımladığı Osmanlı sənədləri vardır.

Monqol zəbtetməsiylə yerli xalq məhv edilmiş, sonraları Bədavi tayfaları daha sonra çeçen məskunlaşmalarına rastlanılmışdır. Şəhərdə 2008-ci il əhali "təxmin"lərinə görə 191.784 şəxs yaşayır.