Noqay çölünün iqlimi quru kontinentaldır. İllik yağıntının miqdarı 300 mm keçmir. İsti dövrün orta temperaturu (aprel — oktyabr) +22-25 °C , soyuq fövrün isə (noyabr — mart) 0 - 2 °C arasında dəyişir. Minimum temperatur −33 °C (yanvar, fevral), maksimum isə +45 °C (avqust) olmuşdur. Qışı az yağıntılı olması ilə seçilir. Ortalama 30 mm təşkil edir. Bu isə az qar örtütü düməkdir.

Çöl üçün tünd şabalıdı və açıq şabalıdı torpaqlar üstünlük təşkil edir. Üstəlik torpaqların böyük əksəriyyəti şoranlaşmışdır. Qərbində göl və şoranlıq ərazilər vardır. Digər ərazilər isə zəif yapışqanlı qumlar ilə örtülüdür.

Daimi axara malık çay şəbəkəsibdən məhrumdur. Qrunt suları dərində yerləşməsinə baxmayaraq güçlü şəkildə minerallaşmağa məruz qalmışdır. Burada əkinçilik ancaq suvarılma əkinçiliyə əsaslana bilər. Üstəlik su kənardan gətirilməlidir.

Noqay çölü əsasən köçəri maldarlıq üçün əlverişlidir. Sovet dönəmində Noqay çölü və ətraf ərazilərə maşınlarla, sayları milyonları keçən heyvanlar Dağıstan, Çeçenistan, İnquşetiya, Şimali Osetiya, Cənubi Osetiya və Gürcüstan əraziləri bura köçürülürdü.

Sosializmin gur dönəmində güçlü şəkildə istifadə edilməsi otlaq ərazilərinin 70 % orta, güçlü və olduqca güçlü şəkildə zərər görmüşdür. 25% ərazi isə heyvanlar üçün zərərli bölgəyə çevrilmişdir.

Noqay çölünün cənub və cənub-şərq hissəsinin güclü intensiv şəkildə istifadəsi onun qumlu səhraya çevrilməsinə səbəb olmuşdur. Əvvəllər isə otlaq bitkiləri qumların hərəkətinə maneə olurdu. İnsanın bu kor təbii fəaliyyəti nəticəsində Noqay çölünün tanıtma kartı olan Sayqalar itirilmişdir