Məhəmməd Ömər (Molla Məhəmməd Ömər kimi də tanınır) 1962-ci ildə doğulub (başqa bir versiyaya görə 1959-cu ildə). Puştu tayfasındandır. Ailəsi yoxsul idi. Ömər hələ lap uşaq ikən Quranın əsaslarını öyrədən və səyyari müəllim olan atası vəfat etdi. Anası mərhumun qardaşına ərə getdi. O da ətraf kəndlərdə dinin əsaslarını təlim edirdi. Buna görə də Muhəmməd Ömər bütün uşaqlığı boyu Əfqanıstan kəndinin din mədəniyyətini mənimsədi. Quran məktəbindəki təhsildən sonra molla olan Ömər öz nəslinin taleyni anladı.SSRİ-Əfqanıstan müharibəsinin iştirakçısı olub.O zaman mühafizəkar “Hərakate-İnqilabe-islam” partiyasının sıralarında müqavimətə qoşuldu. Cəbhədə üç dəfə yaralandı. Gözünü itirdi, lakin silahdaşlarının hörmətini qazandı. Qiyamçıların öhdəsindən gələ bilməyən Qızıl Ordunun 1989-cu ildə gedişindən və 1992-ci ildə sovet rejimi çökəndən sonra Molla Ömər təhsilə qayıtdı.

“Taliban” hərəkatı əvvəlcə Hindistanın şimal qonşuya istənilən təsirinin qabağını almağa çalışan Pakistanın irimiqyaslı strateji niyyətlərinin girovuna çevrildi. Hər şey yetərincə yaxşı başladı. Hərəkat məyus olmuş insanları “Dünya və Quran” şüarı ilə öz tərəfinə çəkib 1994-cü ildə üsyana qalxdı və Qəndəharı asanlıqla öz nəzarətinə götürdü. Molla Ömər əfsanəsi elə o zaman doğuldu. O, 1996-cı ildə bir neçə yüz mömini Məhəmməd peyğəmbərin əbasının qayğı ilə saxlandığı Qəndəhar məscidinin yanına topladı və əbaya büründü. O anda “əmir əl-möminin” rütbəsini qəbul etdi. Onun taleyi müstəsnalıq xarakteri qazandı. Bir neçə aydan sonra - 1996-cı ilin sentyabrında Kabil çökdü və taliblər zəfərlə paytaxta girdilər. Cəmi iki ildən sonra Əfqanıstanın böyük hissəsi nəzarətə götürüldü – komandir Məsudun müqavimət təşkil etməyə çalışdığı Pancər dərəsindən başqa.

İndiyədək onun öldürüldüyü və ya həbs olunduğu barədə bir neçə dəfə yanlış məlumat yayılıb.