Məmmədxan Bakıxanov 1890-cı ildə Bakıda anadan olmuşdur.

Məmmədxanın uşaqlıq və gənclik illəri İranda keçmişdir. O, hələ 7 yaşında ikən atası İranın Rəşt şəhərinə köçmüş və orada ticarətlə məşğul olmuşdur. Balaca Məmmədxan ilk təhsilini Rəştdə almışdır. O, gənc yaşlarından başlayaraq xalq musiqisinə böyük həvəs göstərmişdir. Məmmədxanın atası Məmmədrza kişi tacir olmasına baxmayaraq, musiqi həvəskarı idi. Deyilənə görə, Məmmədrza kişi tar, saz çalar, hərdən bir pəsdən zümzümə edərdi.

Məmmədxan ilk musiqi təhsilini İranda almışdır. O, bir tarzən kimi 1916-cı ildən başlayaraq xalq məclislərində çıxış etmişdir.

Azərbaycanda Sovet hakimiyyəti qurulduqdan sonra Məmmədxan Bakıya gəlmiş və burada musiqi təhsilini davam etdirmişdir. O, 1920-ci ildə Şərq Konservatoriyasına daxil olub, burada məşhur tarzən Şirin Axundov və MəŞədi Həsəndən dərs almışdır.

Məmmədxanın xalq musiqisinə yaxşı bələd olmasını və məharətlə çalmasını görən konservatoriyanın direktorluğu 1921-ci ilin martında onu konservatoriyanın inspektoru vəzifəsinə təyin etmişdi.

1923-cü ildə Bakıda istedadlı tarzən və bacarıqlı bir təşkilatçı kimi tanınan M. Bakıxanov Əli Bayramov adına əməkçi türk qadınlarının Mərkəzi Mədəniyyət sarayına işə dəvət edilir. O, qadınlar klubunda 13 il tar müəllimi vəzifəsində çalışmış və Azərbaycan qızlarına musiqidən dərs demişdir.

1934-cü ilin iyun ayında Tiflis şəhərində keçirilən Zaqafqaziya olimpiadasında. Bakıxanovun rəhbərlik etdiyi «Şərq orkestri» da iştirak etmişdi. Olimpiadada böyük müvəffəqiyyətlə çıxış edən orkestr birinci yer tutduğuna görə Zaqafqaziya Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin Fəxri Fərmanı ilə təltif edilmiş və pul mükafatı almışdır.

Zaqafqaziya olimpiadasından böyük qələbə ilə qayıdan «Şərq orkestri» 1936-cı ilin may ayında Moskvaya bədii özfəaliyyət kollektivlərinin konsert-tamaşasında çıxış etmək üçün dəvət edilmişdi. Burada tikinti işçilərinin mərkəzi klubunda çıxış edən orkestr bu dəfə də qiymətli mükafatlarla Bakıya qayıtmışdır.

Məmmədxan Bakıxanov 1943-cü ildə Azərbaycan SSR əməkdar artisti fəxri adına layiq görülmüşdür. Məmmədxan Bakıxanov «Əmək igidliyinə görə», «Qafqazın müdafiəsinə görə» medalları və bir sıra fəxri fərmanlarla təltif olunmuşdur.

Görkəmli sənətkar Məmmədxan Bakıxanov 1957-ci il fevral ayının 20-də Bakıda vəfat etmişdir.