Məhəmmədqulu bəy Mehrəli bəy oğlu 1762-ci ildə Şuşa şəhərində dünyaya gəlmişdi. Saray təhsili almışdı. Ailədə Məhəmməd çağrıldığından bu adla tanınmışdır. Məhəmməd bəy 1795-ci ildə qardaşı Əsəd bəylə bərabər Ağaməhəmməd xan Qovanlı-Qacara əsir düşmüş, lakin İbrahimxəlil xanın apardığı danışıqlar nəticəsində azad edilmişdir.

Məhəmməd bəy 1797-ci ildə qısa müddətə Qarabağı idarə etmişdi. Xanlığın cəsur və qorxmaz sərkərdələrindən biri idi. Molla Pənah Vaqif Məhəmməd bəy haqqında yazmışdı:

Bir cavan tazədən gəlib ərsəyə,
Əcaib oğlandır, adı Məhəmməd.
Zahirən özü tək pak imiş əsli,
Ola bilməz heç övladı-Məhəmməd.

Yeni gəlib xətti tər bənövşə tək,
Qaşı, gözü gözəl, surəti göyçək.
Danəndə, fəhmdə, qabil və zirək,
Sahibkamal, söz ustadı Məhəmməd.

Məhşər hekayəti müşkül hekayət,
Ya həzrəti rəsul, eylə inayət
Vaqifəm, qulami şahi vilayət,
Elə mənə bir imdadı, Məhəmməd.

Qarabağın məşhur el şairi, Aşıq Valeh kimi tanınan Kərbəlayı Molla Səfi isə onun haqqında yazırdı:

Məhəmməd bəy kimi cəllad, xunfəşan,
Görməmişdi hər guzidə bir cahan.
Heyif ki, başadək sürmədi dövran,
Getdi ürəyində arzuman hanı!

Məhəmməd bəy Aişə xanım, Hürü xanım və Qızxanım xanım Dürbənd bəy qızı Cinli ilə evli idi. Birinci nikahdan Cəfərqulu bəy adlı oğlu vardı.