Bir nəzəriyyəyə görə Mayya mədəniyyəti ekoloji problemlərə görə məhv olmuşdur. Məsələn, mayyalıların yerlərini genişləndirmək üçün meşələri məhv etdiyi irəli sürüldü. Bəzi alimlər zəlzələ, qasırğa, quraqlıq kimi təbii fəlakətlərin baş verdiyini irəli sürdülər. Hansısa xəstəliyin də mayyalılar arasında yayıldığı nəzəriyyələrdən biridir. 1995-ci ildə orta Yukatanda dibində 800-1000-ci illərə aid dövrdən qalan çpküntülərin tərkibində xeyli kalsium sulfat tapmışdırlar. Kalsium sulfat ancaq göldə çox az su varsa, xüsusilə quraqlıq zamanı dibə çökür. bu cür quraqlığın Mayyanın sonunu gətirdiyini düşünmüşdür.

Arxeoloq versiyasına görə Meksika körfəzindən gəlmiş bir xalq şimaldakı Mayya şəhərlərinə hücum etmişdir. Lakin bu hərbi deyil, mədəni işğal olmuşdur. Bu isə xarici idarəçilərə qarşı mayyalıların üsyan etməsinə səbəb olmuşdur. Tompson buna sübut kimi Orta Meksika üslubu qabların Mayyada tapılmasını və Meksika körfəzi memarlıq üslubunun Mayyada da peyda olmasını göstərmişdir.

Uzun müddət mayyalıların sülhsevər xalq olması düşüncəsinin Mayya yazıların oxunmasından ardından səhv olduğu, əslində onların hərbi xalq olduğu məlum olmuşdur. Mayya ərazisində hərbi istehkamların da tapılması süqut haqqında yeni versiyaların çıxmasına səbəb olmuşdur. Arxeoloqlar Arlen və Diana Çeyz Belizdə bir sahədə silahlar tapmış və Mayya şəhərləri arasında bir müharibənin süquta səbəb olduğu fikrini irəli sürmüşdürlər. şimali Qvatemalada çox miqdarda kəsilmiş baş tapmış və eyni nəticəyə gəlmişdir. O, 820-ci ildən sonra Mayya əhalisinin 95 %-nin məhv olduğunu təxmin etmişdir.

1970-ci illərdə Mayyanın mədəniyyətinin bir deyil, bir neçə faktorun qarşılıqlı təsiri ilə məhv olması fikri geniş yayılmağa başlamışdır.

Arxeoloq Mayya mədəniyyətinin tam süqut etmədiyini, sadəcə şimala köçdüyü versiyasını irəli sürmüşdür.