Atası Trabzon imperatoru I Manuel, anası isə onun Trabzon əsilli ikinci xanımı İrina Surixanidir. Atasının 1263-cü ildə vəfatının ardından qardaşları Andronik və Qriqori taxta çıxmışdır. Ancaq qardaşının Elxani Abaqa xan tərəfindən əsir götürülməsinin ardından 1280-ci ildə saray əyanları tərəfindən taxta çıxarılmışdır. Onun səltənətində Bizans imperiyası ilə münasibətlər düzəlmiş, 1282-ci ildə Konstantinopolda imperator VIII Mixailin qızı Evdokiya Paleoloqla evlənmişdir.

Onun ölkədə olmamasından istifadə edən İmereti çarı VI David bölgədə itirdiyi nüfuzu qazanmaq məqsədilə 1284-cü ildə Trabzona hücum etdi və onun gürcü əsilli ögey bacısı Teodora Komninini imperatriça elan etdi. Ancaq Bizans imperatorundan aldığı hərbi dəstəklə ölkəyə qayıdan II İohann dərhal hakimiyyəti ələ aldı və bacısı Teodora ölkədən qaçdı (1285). Bütün bu siyasi çəkişmələr əsnasında imperiyanın qərb torpaqları türkmənlər tərəfindən ələ keçirildi.

1291-ci ildə Roma papası tərəfindən yazılan 2 məktubla, II İohann katolik dininə dəvət edilmiş, Qüdsə tərtiblənəcək yeni səlib yürüşünə qatılması təklif edilmişdir. II İohann bu məktubları cavablandırmasa da, Avropa ökələriylə münasibətləri də hər zaman yaxşı saxlamışdır.

1297-ci ildə vəfat etmiş, cənazəsi Trabzona aparılmışdır.

• II Aleksey
• Mixail

• Claude Cahen, Pre-Ottoman Turkey: A General Survey of the Material and Spiritual Culture and History c. 1071–1330, 1968
• George Finlay, The History of Greece and the Empire of Trebizond, (1204–1461) (Edinburgh: William Blackwood, 1877)
• Alexander Kazhdan, (Ed.) (1991). The Oxford Dictionary of Byzantium (İngilizce). Oxford ve New York: Oxford University Press. ISBN 0-19-504652-8

1. Lundy D. R. Ioannes II Comnenos, Emperor of Trebizond //  (ing.).
2. Jackson Williams, Kelsey (2007). "A Genealogy of the Grand Komnenoi of Trebizond". Foundations: The Journal of the Foundation for Mediaeval Genealogy.