Hisar Məscidinin Aydınoğulları bəyliyinin Osmanlı hakimiyyətindən asılı düşməsindən 150 il sonra Aydınoğulları nəslindən olan Özdemiroğlu Molla Yaqub Bəy tərəfindən tikdirildiyi qəbul edilir. Hicri təqvimlə 1006, Miladi təqvimlə 1597/1598-ci ildə inşa edilən məscid İzmirin tarixi və ən böyük məscididir. Araşdırmalara görə məscid 1402-ci ildə Teymuri İmperiyasının qurucu lideri, Teymurun ələ keçirdiyi və dağıtdığı İzmir Liman qalasının dağıntıları üzərində qurlub. Bu qala 1231–1235 illərində limanın girişində inşa edilmişdi. 1671–1672-ci illərdə İzmirə gələn Övliya Çələbi həm Kadifekalenin, həm də bu qalanın varlığını qeyd edir. Məscidin adı Liman Qalasının aşağı qapısının qarşısında yerləşdiyi üçün Hisar Məscidi idi. Məscidin mehrabı üçlüdür və italyan təsirini daşıyır. Bu xüsusiyyəti ilə üç mehrablı nadir məscidlər arasındadır. Bu məscidin banisinin üç nəfərdən ibarət olması ilə əlaqələndirilir.

Bəzi mənbələrdə binanın tikildiyi ərazidə əvvəl Latın kilsəsinin olduğu deyilir. Başqa bir tezis isə Molla Yaqub adlı başqa bir məscidi və məscidin 14-cü əsrə qədər varlığını iddia edir. Ərəb səyyahı İbn Batutanın sözlərinə görə, Şeyx Yaqub adlı birinin İzmirdə olması 14-cü əsrin əvvəllərində müəyyən olsa da, məscidlə əlaqəsi qeyri-müəyyəndir.

Şəhərin ilk abidəsi olaraq qəbul edilən Hisar məscidi 1813, 1868 və 1881 zəlzələlərində ziyan gördü. 1870-ci il tarixli kitabədə təmir işləri aşağıdakı kimi göstərilir:

Məscid ardıcıl olaraq 1813, 1870, 1881, 1890, 1927, 1938, 1985 və 2009–2011-ci illərində təmir edilmişdir. 1813-cü ilin bərpasında məscidin önünə son bir camaat yeri daha əlavə edildi.

Məscid yeddi qübbəli son camaat yerindən və şimaldakı mərkəzi quruluşdakı harim ilə minarədən ibarətdir. Məscidin minarəsi kəsilmiş daş əsas üzərində yerləşir və tək eyvanlı, dairəvi əsəslıdır. Minarənin ilk bərpası 22 may 1890-cı ildə İzmir valisi Xəlil Rıfat Paşa tərəfindən edildi. 1927-ci ildə zəlzələ nəticəsində məhv edilən bu minarənin yerində İzmir valisi Kazım Dirik Paşa tez bir zamanda yenisini inşa etdi və minarənin əsası dövrün ənənələrini izləyərək Kütahya çiniləri ilə bəzədildi. Minarə qapısının üzərindəki "İzmir valisi Mirliva Kazım Paşa zamanında inşa edilmiştir H 1343/M 1927" yazısı da bunu xatırladır. Son bərpası 2009–2011 illəri arasında tamamlanan məscid, 11 mart 2011-ci ildə Cümə namazı ilə ibadətə açıldı.

Mehrabın qarşısındakı böyük qübbəli kvadrat meydan üç istiqamətdə daha kiçik qübbəli həcmlərlə əhatə olunmuşdur. Kəsmə daş və daş parçalarından düzəldilmiş kvadrat məsciddə səkkiz sütun və onu dəstəkləyən altı qübbə üzərində duran mərkəzi günbəz var. Məscidə qərbdəki son camaat yerindən ibadət məkanına üç qapı ilə daxil olunur. Bu yaxınlarda son camaaat yerinin ön hissəsi şüşə ilə örtülmüşdür. Taxta minbəri inci işləməli, mehrabının içərisi isə 18–19-cu əsrlərə aid qələm işləri ilə bəzədilmiş yuvarlaq bir yuva şəklindədir. Giriş qapısında Ali İmran surəsinin 97-ci ayəsinin bir hissəsi kimi Oraya kim girərsə, güvən içində olar (وَمَنْ دَخَلَهُ كَانَ اٰمِناًۜ) yazılmışdır. Tağların sütun başlıqlarındakı üslub Roma tikilisindən toplandığı təsəvvürünü yaradır. Son camaat yerinin sütunlarının isə İzmirin qədim tikililərindən biri olduğu təklif olunur.

•  
  Hisar məscidinin mehrabı
•  
  Məscidin minbəri
•  
  Hisar məscidinin daxili görünüşü

Bu gün Hisar Məscidinin qərbində Kızlarağası Hanı, şimalında Yorqancılar Çarşı, cənubda Yağcılar və Peynirciler Çarşısı var və məscid Kemeraltı Çarşısının Fevzipaşa Bulvarına çıxış nöqtəsinə yaxındır.

20-ci əsrin əhəmiyyətli bəstəkarı Rakım Elkutlu atasının vəfatından osnra Hisar məscidinə imam təyin edildi və ölənə qədər bu vəzifəsinə davam etdi. Eyni zamanda, uzun illər İzmir Musiqi Cəmiyyətinin sədri olan Elkutlunun xüsusən də Hisarbuselik vəzifəsindən istifadə edərək verdiyi əsərləri var.

Məscid hələ də fəaliyyətdədir. 2016-cı ilin yanvar ayından etibarən Səlim Mentekli və İbrahim Ege məsciddə imam hatip vəzifəsində çalışırlar.Müəzzinlik vəzifəsini Məhəmməd Emin Ayaz və Müzaffer Gülmez icra edir.