Heydər Əliyev Muzeyi Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin 18 fevral 1999-cu il tarixli sərəncamına əsasən yaradılmış və 10 may 1999-cu ildən etibarən fəaliyyətə başlamışdır. Muzeydə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevin ailəsinə, onun uşaqlıq və gənclik illərinə həsr olunmuş stendlər nümayiş etdirilir. Həmçinin Naxçıvan MR Ali Məclisinin sədri (1991–1993) işlədiyi dövrdə gördüyü işlər, həyata keçirdiyi tədbirlər, qəbul etdiyi mühüm əhəmiyyətli qərarlar, sərəncamlar, sənədlər, fotolar, filmlər, albomlar öz əksini tapmışdır.

Muzryin ekspozisiya zalının mərkəzində Heydər Əliyevin "Doğma, canım-varlığım qədər sevdiyim Azərbaycanım mənim qibləgahımdır" sözləri yazılmışdır.

Habelə muzeydə Türkiyə Cümhuriyyəti və İran İslam Respublikası ilə əməkdaşlıq sahəsində imzaladığı müqavilələrin surətləri, Azərbaycan Respublikasının müxtəlif bölgələrində yaşayan vətəndaşların müraciətləri toplanmışdır. Burada "Xalqımla həmrəyəm", "Qayıdış", "Naxçıvan yaşayır və döyüşür" bölmələri təşkil olunmuşdur. Muzeyin fondunda ümummilli lider Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətini özündə əks etdirən 4807 eksponat toplanmışdır. Həmçinin muzeyin kitabxanasında Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətini əks etdirən jurnal, albom və kitablar saxlanılır.

• Azərbaycan İstiqlal Muzeyi
• Azərbaycan Tarix Muzeyi
• Azərbaycan Xalça Muzeyi
• Muzey Mərkəzi
• Nizami Gəncəvi adına Milli Azərbaycan Ədəbiyyatı Muzeyi
• Azərbaycan Dövlət İncəsənət Muzeyi