Azərbaycan öz dövlət müstəqilliyini bərpa etdikdən az sonra — 1992-ci il yanvarın 29-da müstəqil gömrük sisteminin əsası qoyuldu. Gömrük dövlət xəzinəsini gəlirlə təmin edən ən mühüm dövlət atributlarından biridir. Gömrük sistemi həm də ölkəyə qeyri-qanuni yolla müxtəlif malların gətirilməsinin, habelə ölkənin ən mühüm strateji sərvətlərinin aparılmasının qarşısını alır. Azərbaycanda gömrük sisteminin təşkili tarixi çox qədimdir.

Tarix boyu mövcud olmuş bütün Azərbaycan dövlətlərində gömrük xidməti ilə məşğul olan xüsusi təsisatlar fəaliyyət göstərmişlər. Lakin gömrük sisteminin elmi-hüquqi əsaslarla təşkili ilk dəfə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə olmuşdur.

Azərbaycan ərazisini qeyri-qanuni ticarətdən və qaçaqmalçılıqdan qorumaq məqsədilə hökumətin 1918-ci il 12 iyul tarixli qərarı ilə Qazax qəzasının Salahlı və Şıxlı kəndlərində, Poylu dəmir yolu stansiyasında ilk gömrük postları yaradılmışdı. Azərbaycan hökuməti gömrük sisteminin fəaliyyətə başlamasını təmin edən sənədi 1918-ci il avqustun 10-da qəbul etmişdi.

Azərbaycan parlamentinin 1918-ci il 18 avqust tarixli qanununa əsasən, qaçaqmalçılıqla mübarizə, ölkənin ərazisini qeyri-qanuni ticarətdən qorumaq məqsədilə Azərbaycanın sərhədlərində 99 gömrük postu yaradılmışdı və burada 992 gömrük işçisi keşik çəkirdi. Aprel işğalı digər sahələrdə olduğu kimi, gömrük sistemində də işlərin başa çatdırılmasına imkan vermədi.

SSRİ dövründə Azərbaycanda gömrük sistemi mövcud olmamışdır. Bu iş yalnız ittifaq orqanları tərəfindən həyata keçirilirdi. Azərbaycan Respublikası Prezidenti Heydər Əliyevin sərəncamı ilə 29 yanvar gömrük işçilərinin peşə bayramı günü elan olunmuşdur.