Klub 1920-ci ildə yaradılıb. 1946–47 mövsumundə tarixində ilk dəfə B Seriyasında iştirak edib. Klub daha bir mövsüm, 1947–48 mövsümundədə B Seiyasında çıxış edib. Ancaq bundan sonra təkrar aşağı liqaya duşub və 35 il aşağı liqalarda çıxış edib.

1983/84 mövsümündə klub inkişaf edərək İtaliya B Seriyasına yüksələ bilir. 3 ildən sonra klub artıq A Seriyasına vəsiqə qazanır. Burada debüt oyununda İnteri sensasiyalı şəkildə məğlub ediri — 1: 0. Ancaq klubun A Seriyasında ilk mövsumu çoxda uğurlu olmur, qalmaqala görə Udinezein 9 xalı silindiyi üçün, "Empoli" A Seriyasındakı yerini qoruya bilir. Ancaq növbəti mövsümdə klub özü də qalmaqalda içitirak edir. Klubun 5 xalı silinir və klub B seriyasına yuvarlanır. Bir il sonra isə klub artıq C1 seriyasında yarışır.

1995/96 mövsümündə klubun keçmiş futbolçusu Luçano Spalettinin rəhbərliyi altında Empoli B Seriyasına qayıtdı, bir ildən sonra isə artıq onlar tarixi ərzində cəmi iki mövsüm keçirdikləri "A Seriyası"nda idilər.

1999-cu ilin noyabrında kluba üç mövsüm ərzində döyüşkən komanda yaratmağı bacaran Silvio Baldini məşqçi təyin edilir. Baldinin rəhbərliyi ilə komanda 2001-ci ildə təkrar A Seriyasına yüksəlir. O zaman Empolidə Massimo Makkarone, Mark Breşiano, Antonio Di Natale, Tommaso Rokki kimi istedadlı oyunçular parlayır.

2003-cü ilin payızında komanda turnir cədvəlinin sonunda qərarlaşır və Baldini vəzifəsindən qovulur. Ancaq komandada uğurlu dəyişiklik olmur və komanda bir daha B Seriyasına düşur.

2005-ci ildə "Empoli" yenidən İtaliya "A Seriyası"na yüksəlir. Komanda təcrübəli Luici Kanninin rəhbərliyi altında o dövrdə tarixlərində ən yüksək yeri, 11-ci yeri tutdular. 2005/06 mövsümünün sonunda böyük bir korrupsiya qalmaqalı baş verir, nəticədə digər komandalardan xalların silinməsinə görə komanda, "UEFA Kuboku"nda iştirak hüququ verən yeddinci sıraya yüksəlir. Ancaq komanda turnirdə iştirak üçun UEFAdan lisenziya ala bilmir. Nəticədə klubun əvəzinə turnirə Parma klubu gedir.

Növbəti mövsüm Empoli artıq idman prinsipləri əsasında UEFA Kubokunda iştirak etmək hüququ qazanır. İsveçrə "Sürix"i ilə iki raundluq qarşılaşma klubun beynəlxalq arenada debütü olur. "Empoli" iki görüşdə "Sürix"ə 2:4 hesabı ilə uduzaraq, turnirdən kənarlaşır. Daxili çempionatda klub üçün işlər yaxşı getmir və klub prezidenti Fabrizio Korsi məcbur olub Luici Kannini işdən çıxarıb Alberto Malezani baş məşqçi təyin edir. Daha sonra məşqçi dəyişdirilməsi əks istiqamətdə həyata keçirilir və Luici Kannini geri qaytarır. Ancaq buda "Empoli"ni "B Seriyası"na düşməkdən xilas etmir və klub mövsümün sonunda "A Seriyası"nı tərk edir. Klubun keçmiş məşqçisi Silvio Baldini Luici Kanninin yerinə baş məşqçi təyin edilir.

Baldininin rəhbərliyi altında komanda çoxda uğurlu olmadı. İlk mövsümü komanda beşinci yerdə başa vurur və daha sonra "A Seriyası"na yüksəlmə üçun olan pley-off oyununda Breşiya klubuna məğlub olur. Bu nəticələrdən sonra Baldini istefaya göndərilir.

"Empoli"nin yeni məşqçisi Salvatore Kampilonqo olur. Komanda 2009/10 mövsümünü 10-cu yerdə bitirir. Kampilonqonu yayda Sampdoriya gənclər komandasının keçmiş məşqçisi Alfredo Aglietti əvəzləyir.

2010/11 mövsümünü "Empoli" bir qədər yaxşı keçirdir və 9-cu yeri tutur. 2009–10 mövsümündən 2011-ci ilin dekabrına qədər klub dörd məşqçi dəyişir.

Klub 2011–12-ci mövsümundə Empoli təhlükəli zonadan bir xal aralı qalaraq 18-ci yeri tutur. 2012–13 klubu dördüncü bitirir, lakin "A Seriyası"na yüksəlmək üçun olan pley-off oyununda Livornoya uduzur.

Klub növbəti mövsümdə ikinci yeri tutaraq yenidən A Seriyasına yüksəlməyi bacarır. "A Seriyası"nda 2014–15-də 15-ci, 2015–16-da isə 10-cu yeri tutaraq iki mövsüm yüksək liqada qalır. "A Seriyası"nın 2016–17 mövsümünün son turuna qədər Empoli, Krotoneni qabaqlayaraq aşağı liqaya düşmək zonasından bir xal irəlidə idi, lakin klub son turda qarşılaşdığı Palermonu məğlub edə bilmir, Krotone klubu isə qarşılaşdğı Latsionu məğlub edir. Beləcə klub növbəti dəfə "B Seriyası"na düşur.

2017–18 B Seriyasında yarışan Empoli, 28 aprel 2018-ci ildə dörd oyun qabaqcadan B Seriyasını qalibi olur. Komanda birbaşa "A Seriyası"na yüksəlir.

A Seriyasının 2018–19 mövsümünün son oyun günündə Empoli "İnter"ə məğlub olduqdan sonra B Seriyasına düşür.

Empoli "B Seriyası"nda iki mövsüm keçirdikdə sonra, 2020–21 mövsümündə Seriyanın çempionu olur və öz tarixində yarışda üçüncü titulunu qazanır.

Sonuncu dəfə 30 Yanvar 2022 tarixində yeniləndi