Klub 1997-ci ildə "Polis Akademiyası" və "Qartal-95" klublarının birləşməsindən yaranıb.1997-ci ildə "Polis Akademiyası", 1997–2000-ci illərdə "Dinamo" adlandırılıb. 2000–2001-ci illərdə "Bakılı" Futbol Klubu ilə birləşib və "Dinamo-Bakılı" adlandırılıb. 2004-cü ildən etibarən klubu "BAGHLAN GROUP" şirkətlər qrupu himayəyə götürüb. Elə həmin ildən də klubun adı dəyişdirilərək "Bakı" adlandırılıb.

• 1997/1998 mövsümündə Azərbaycan çempionatının ikincisi olmuşdur.
• 2004/2005 mövsümündə Azərbaycan kubokunun sahibi olmuşdur.
• 2005/2006 mövsümündə Azərbaycan Çempionu olmuşdur.
• 2006/2007 mövsümündə Azərbaycan Çempionatının üçüncüsü olmuşdur.
• 2008/2009 mövsümündə Azərbaycan Çempionu olmuşdur.

2004-cü ildə "BAGHLAN GROUP" şirkətlər qrupu klubu himayəsinə götürüb. Bundan sonra "Bakı" klubu iki dəfə Azərbaycan Çempionu, Azərbaycan Çempionatının gümüş və bürünc mükafatçısı, Azərbaycan Kubokunun sahibi kimi titullar qazanmağı bacarıb, ölkənin ən iddialı klublarından birinə çevrilib. Klub prezidenti Hafiz Məmmədov Türkiyə Respublikasından bir neçə futbol mütəxəssisini 2008-ci ilin iyun ayında Bakıya dəvət edib. İşçi qrupunun "Bakı" futbol klubunda ilk işi klubun rəsmi saytı və jurnalının yenilənməsi olub. Tezliklə prezidentin şəxsi nəzarəti ilə "Böyük "Bakı"- 2012" layihəsi hazırlanaraq təsdiqlənib. Layihənin ilk bəhrələrini isə 2010-cu ildən etibarən görüləcəyinə söz verən qrup aşağı yaş qruplarında 8 komanda formalaşdırdı. Layihənin tərkib hissələrindən biri isə klubun baza və stadionunun inşası məsələsidir. Belə ki, 2012-ci ilə kimi "Bakı" yeniyetmə və gənclərdən təşkil olunmuş komandalarının məşq etməsi üçün standartlara uyğun baza və stadion inşa etdirəcək. Artiq bu istiqamətdə vacib addımlar atılıb. Konkret olaraq Elman Ələkbərovun rəhbəri olduğu "VİP — Sort" şirkəti ilə bağlanan müqaviləyə əsasən komandanın məşq etməsi üçün standart meydança Delfin Hotelin arxasındakı ərazidə istifadəyə verilib.

• Birlik Kuboku:
  • 1/4 finalçı — 2007
• Azərbaycan çempionatı:
  • Qızıl medal (2) — 2005/2006, 2008/2009
  • Gümüş medal (2) — 1997/1998, 2009/2010
  • Bürünc medal (1) — 2006/2007
• Azərbaycan Kuboku:
  • Qalib (3) — 2004/2005, 2009/2010, 2011/2012

• 2004/2005-ci il futbol mövsümü Azərbaycan kubokunun sahibi;
• 2005/2006-cı il futbol mövsümü UEFA Kubokunun I təsnifat mərhələsinin ilk oyununda Slovakiyanın "Jilina" komandası ilə Bakıdakı ilk matçda 1:0 qalib gəldik, cavab qarşılaşmasında isə 3:1 məğlub olaraq yarışda mübarizəni dayandırdıq.
• 2005/2006 futbol mövsümü Azərbaycan Çempionu;
• 2006/2007-ci il futbol mövsümü Çempionlar Liqasının I təsnifat mərhələsində Gürcüstanın "Sioni" komandası ilə səfərdəki ilk oyunda 2:0 məğlub olduq. Cavab oyununda 1:0 qalib gəlsək də mərhələni adlayan tərəf gürcülər oldu.
• 2006/2007 futbol mövsümü Azərbaycan Çempionatının üçüncüsü;
• 2007/2008-ci il futbol mövsümü UEFA İntertoto Kubokunun I təsnifat mərhələsindən mübarizəyə başladıq. Rəqibimiz Moldovanın "Daçiya" komandası idi. Moldovanlarla ilk oyun doğma Tofiq Bəhramov adına stadionda idi. Bakıdadı ilk maçın sonunda heç-heçə hesabı qeydə alındı (1:1). Moldovadakı oyunda da oyunun əsas və əlavə vaxtı heç-heçə qurtadığı üçün qalib penalti zərbələri ilə müəyyənləşdirildi. Bəxti üzünə gülən rəqibimiz 5:3 hesabı ilə qalib gələrək növbəti mərhələyə yüksəldi.
• 2008/2009-cu il futbol mövsümü Azərbaycan Premyer Liqasının qalibi;
• 2009/2010-cu il futbol mövsümü Çempionlar liqası II mərhələsindən mübarizəyə başlayan "Bakı" püşkatmanın nəticələrinə görə Litvanın Ekranas komandası ilə oynamaq hüququ qazandı. İlk oyun Litvada 2:2, cavab qarşılaşması isə 4:2 hesabı ilə komandamızın xeyrinə yekunlaşdı. Növbəti oyun Avropada ortabab komandalardan sayılan Bolqarıstanın Levski Sofiya klubu oldu. İlk oyun Bakıda idi. 0:0 hesabı ilə bitən ilk oyundan sonra komandamız ümidini rəqib meydanında uğurlu oyuna bağlamışdı. Təəssüf ki, təcrübəli rəqib bu şansı qaçırmadı. Evdə 2:0 qalib gələn bolqarlar UEFA Avropa Liqasının qrup mərhələsinə vəsiqəni təmin etmiş oldu. Həmin mövsümün sonunda Bakı Azərbaycan Milli Futbol Kubokuna sahib çıxır.
• 2011–2012 mövsümündə komanda çempionatda uğursuz oynayır və baş məşqçi Starkovu istefaya göndərir. Buna baxmayaraq, sonda Bakı Azərbaycan Milli Futbol Kubokunun finalına vəsiqə qazanır və burada Neftçi Bakı klubunu 2:0 hesabı ilə məğlub edərək 3-cü dəfə kuboka sahib çıxır. İyul ayında Bakı Avropa Liqasında qüvvəsini sınayır, lakin elə ilk mərhələdə mübarizəni dayandırır.

2010-cu il noyabrın 26-da açıqlanan klubların XXI əsr üçün reytinqində ilk onilliyi 318,5 xal ilə Azərbaycan klubları arasında 3-cü, dünyada isə 387-ci pillədə başa vurmuşdur.

• 2011-09-02 at the Wayback Machine (az.)