Cəfər Hacı Şeyx Həsən oğlu Axundov 1878-ci ildə Naxçıvanın Nehrəm kəndində anadan olub. Cəfər ailənin 2-ci uşağı idi.

Atası Hacı Şeyx Həsən Molla İmamqulu oğlu Mollazadə Gəncəvidir. Anası Məşədi Xədicə xanım Cəlil Məhəmmədquluzadənin məşhur "Usta Zeynal" hekayəsinin baş qəhrəmanı Usta Zeynalın qardaşı qızıdır.

Cəfər Axundov təhsilini Gəncə gimnaziyasında alıb. O, erkən yaşlarından siyasətlə maraqlanmağa başlayıb. 1903-cü ildən RSDFP-yə daxil olan "Hümmət" partiyasının menşevik üzvü və Azərbaycanda ilk marksist dərnəklərini quranlardan biri olaraq gizli fəaliyyət göstərib. Qardaşı nəvəsi Rasim Axundovun bildirdiyinə görə, Leninin ona yazdığı məktub onların ailəsində saxlanılırmış və sonralar DTK-dan gələnlər o məktubu aparıblar.

1905-ci ildə Gəncə sənət məktəbi şagirdlərinin nümayişini təşkil etdiyinə görə həbs edilən C.Axundov Gəncədə və Bakıda zindanda yatıb və az sonra Krasnodar (Yekaterinodar) quberniyasına 5 illik sürgünə göndərilib. Atası Hacı Şeyx Həsəni jandarm idarəsinə çağıraraq deyiblər ki, sənin oğlun kafirdir (sosialistləri kafir kimi qələmə verirdilər), halbuki sən axundsan.

1909-cu ildə Parisə mühacirət edən Cəfər Axundov burada rusca nəşr edilən "Musulmanin" jurnalında əməkdaşlıq etmişdir. Məsul redaktorun imzaladığı 15 may 1909-cu il tarixli 49 saylı şəhadətnamədən bilinir ki, o, jurnalın əməkdaşı və təmsilçisidir. Bu jurnalda C.Axundovun bir sıra yazıları nəşr edilib.

Cəfər Axundov 1913-cü ildə Romanovlar sülaləsinin 300 illiyi münasibətiylə Rusiyada verilmiş amnistiyadan sonra ana vətəninə qayıda bilib.

1917-ci ilin fevralında Rusiyada burjua inqilabı baş verdikdən sonra Gəncədə də Kerenskinin Müvəqqəti hökumətini təmsil edən hakimiyyət qurumları fəaliyyətə başlayıb. C.Axundov Gəncə Şəhər Fəhlə və Əsgər Deputatları Şurası sədrinin müavini seçilib.

Həmin ildə Rusiya Müəssislər Məclisinə keçirilən seçkilərdə C.Axundov oraya üzv seçilib. Bu Məclis bir gün fəaliyyət göstərib və Lenin onu qovduqdan sonra fəaliyyətinə xitam verilib. Zaqafqaziyadan seçilmiş deputatlar Tiflisdə toplaşaraq Zaqafqaziyanın müstəqilliyini elan edərək Zaqafqaziya Seymini qurublar. Cəfər Axundov da Seymin Məhəmmədəmin Rəsulzadənin başçılıq etdiyi müsəlman fraksiyasının üzvü olub.

28 may 1918-ci ildə Tiflisdə Azərbaycanın İstiqlal Bəyannaməsi qəbul edildikdə həm də Azərbaycan Milli Şurasının üzvü olan Cəfər Axundov səsvermədə bitərəf qalıb (müstəqilliyə səs verməyən ikinci deputat isə "İttihad" partiyasının rəhbərlərindən biri Sultanməcid Qənizadə idi).

Milli Şuranın 1 iyun 1918 tarixli sayca dördüncü iclasında Cəfər Axundovun şuraya göndərdiyi 31 may 1918 tarixli, 37 nömrəli məktubu oxundu. O, Hümmət Partiyasından və Milli Şura üzvlüyündən çıxdığını elan etmişdi. Partiya isə onun əvəzinə Qasım bəy Camalbəyovu üzvlüyə namizəd göstərmişdir.

Cəfər Axundov Azərbaycan Cümhuriyyəti dönəmində müstəqil dövlətimizə gəlməyərək Gürcüstanda yaşayıb və bir müddət Borçalı torpaq şöbəsində çalışıb.

1920-ci ildə Azərbaycanın müstəqilliyi rus süngüləri ilə məhv edildikdən sonra C.Axundov Gəncəyə qayıdaraq yerli "Hümmət" (menşevik) partiyasına rəhbərlik edib (Səməd Ağamalıoğlu ilə birlikdə). Ancaq o, sıravi bir partiya işçisi olaraq qalmayıb və gerçək kommunist kimi sovet hakimiyyətinə qarşı olanlarla (ilk növbədə müstəqillik tərəfdarlarıyla) amansız mübarizəyə başlayıb. 4 iyun 1920-ci ildə Gəncədə Fövqəladə Komissiyanın (ÇK-nın) ona verdiyi 35 saylı mandatda oxuyuruq: "Bu mandatı təqdim edən Cəfər Axundov Gəncə şəhərinin müsəlman hissəsinin müvəqqəti komissarı təyin edilir və ona tapşırılmış bölgədə xüsusi sərəncam olanadək inqilabi qayda-qanunu bərpa etmək həvalə edilir".

Azərbaycan xalq daxili işlər komissarı – Gəncə şəhəri üzrə Fövqəladə Komissiyanın sədrinin (Həmid Sultanovun) 1920-ci ilin iyununda imzaladığı 45 saylı başqa bir mandatda isə yazılıb:

"Bu mandatı təqdim edən yol. Cəfər Axundova Gəncə şəhərinin müsəlman hissəsində bəyləri, xanları və banditləri axtarmağa və həbs etməyə səlahiyyət verilir və müqavimət göstərilərsə onlarla inqilab dövrünün qanunlarına əsasən güllələmək də daxil olmaqla rəftar etməyə hüquq verilir. Bütün hərbi və mülki hakimiyyət orqanlarından yol. Cəfər Axundovun üzərinə qoyulmuş vəzifələri yerinə yetirməkdə ona ən geniş yardım göstərmək tələb edilir".

Gəncə fövqəladə komissarının Gəncə şəhər 3-cü sahə komissarına 25 iyun 1920-ci ildə yazdığı 130 saylı məxfi məktubda göstərilir: "Bununla yol. Axundova görkəmli əks-inqilabçıları həbs etmək səlahiyyəti verilib; bu zaman müvəqqəti həbsdə saxlanmalı olan Mikayıl Rəfibəyovdan istifadə etmək gərəkdir, çünki o, ifadə vermək üçün lazımdır və adı keçən komissar Axundovun yanında olacaqdır".

Bu sənədlərdən də göründüyü kimi, 1920-ci ildəki Gəncə üsyanının qan içərisində boğulmasından sonra Cəfər Axundov cəllad Həmid Sultanova üsyançıların tapılıb məhv edilməsində əlindən gələn yardımı edib.

Sonrakı illərdə C.Axundov Azərneftdə mühəndis vəzifəsində çalışıb. Ancaq qədirbilməz bolşeviklər kommunist partiyası qarşısındakı xidmətlərini unudaraq 1928-ci ildə onu "nərimanovçu" damğası ilə partiyadan qovublar.

Cəfər Axundov 1931-ci ildə Gəncə şəhərində vəfat edib və atasının sərdabəsində dəfn edilib.

, , 525-ci qəzet, 23.03.2011.