Yaponiya Butandakı maraqlarını Hindistanın Yeni Dehlidəki bir səfirliyi vasitəsilə təmsil edir. 2014-cü ilin aprelinə qədər Yaponiya Thimphuda səfirlik açmağı planlaşdırdı. Butanda Yaponiya səfirliyinin açılmasının mümkün səbəblərindən biri Çinin bölgədəki təsirini önləmək məqsədi güdürü. Lakin maliyyə çatışmazlığı bu planların həyata keçirilməsinə mane ola bilər. 2017-ci ildə olan məlumata görə Yaponiya hələ Hindistandakı səfiri vasitəsilə Butandakı maraqlarını qoruyur.

15-20 noyabr 2011-ci il tarixlərində Butan Kralı Ciqme Kxesar Namqyal Vangçuk və kraliça Cesun Pema Vanqçuk Yaponiyada dövlət səfərində olmuşdular. Bu zaman kral ailəsi ilə imperator ailəsi arasında görüşlər təşkil olunmuşdur.

1987-ci ilin mart ayında Yapon imperator ailəsinin Butana ilk ziyarəti gerçəkləşir. Bu zaman vəliəhd şahzadə Naruhitonun şəxsi ölkə təmsil olunur. İkinci ziyarət 1997-ci ilin mart ayında şahzadə Akişino və şahzadə Kiko tərəfindən gerçəkləşdirilir. Üçüncü ziyarət 2017-ci ilin iyun ayında şahzadə Mako Akişino Butana gələn zaman reallaşır. Bu ölkələri birləşdirən ortaq dəyərlərdən ən əsası hər ikisinin monarxiya olmasıdır.

Yaponiya Butana daşqınların nəticələrinin aradan qaldırılmasında köməklik etmişdir. Butan İqtisadiyyat Nazirliyinin Hidrometeoroloji Xidmətlər Departamentinin direktoru Karma Serinq, Yaponiyanın beynəlxalq əməkdaşlıq agentliyindən daşqınların itkisi və zərərini minimuma endirmək üçün daha ucuz və daha təsirli erkən xəbərdarlıq sistemini hazırlamaq üçün yardım aldığını söyləmişdir. Yaponiya hökuməti Himalay dağlarında da geoloji kəşfiyyat işləri aparır. Yaponiya agentliyi Butandakı işini 2016-cı ilə qədər bitirməyi planlaşdırırdı.

Butan yapon turistlər üçün məşhur bir tətil məkanına çevrilməkdədir. 2012-ci ilin əvvəlində Butan Turizm Şurası KİV-in icraçı nümayəndəsi Pxunso Qalyasen ölkəyə gələn yapon turistlərin sayının əhəmiyyətli dərəcədə artdığını və Yaponiya Butanın turizm sənayesi üçün ilk turist tədarükçüsü olmağa yaxın olduğunu qeyd etmişdir. Ayrıca Butana gələn yapon turistlərinin sayında kəskin bir artım kral JCiqme Kxesar Namqyal Vangçuk və kraliça Cesun Pema Vanqçuk Yaponiyaya rəsmi səfər etməsindən sonra meydana gəldiyini qeyd etdilir. 2011-ci ildə 7,000 yapon Butanı ziyarət etmişdir. Nəticədə Yaponiyan Butanın ikinci böyük turizm ortağı olmuşdur.