Rəsmi olaraq klub ilk dəfə "Аraz" adı altında 1997-ci il martın 27-də Ədliyyə Nazirliyində qeydiyyatdan keçmişdir. 1998-ci il fevralın 3-dən klub "Bakılı" adlanıb. 1995–96-cı illər mövsümündə klub 6-cı milli çempionatın birinci qrupunda ilk oyununu keçirib. O mövsümdə klub müvəffəqiyyətlə çıxış edərək çempionatın lideri olmuş və yüksək liqaya vəsiqə qazanmışdır. Yüksək liqada klubu professional oyunçular və Ukraynadan dəvət olunmuş futbolcular təmsil edirdilər. Xüsusi qeyd edilməlidir ki, milli futbol klubları arasında ilk dəfə olaraq "Bakılı" Futbol klubu əcnəbi legionerlər dəvət etmişdir. "Bakılı" Futbol klubu başlıca olaraq klubun təsisatçısı və prezidenti Misir Səttar oğlu Əbilov tərəfindən maliyyələşdirilir.