Universitetin tarixi 1992-ci ildən başlayır. Həmin il Bakı Ali Pedaqoji Qızlar Seminariyası təsdiq edilmişdir. Professor Ağarəhim Nüsrət oğlu Rəhimovun sədrliyi ilə tələbə qəbulu komissiyası yaradılmış və həmin ilin 27 iyul tarixində Azərbaycan Televiziyasında Bakı Ali Pedaqoji Qızlar Seminariyasına "Pedaqogika və psixologiya", "Pedaqogika və ibtidai təhsilin pedaqogikası" ixtisasları üzrə tələbə qəbuluna dair elan verilmişdir.

Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyinin 08 iyul 2005-ci il tarixli Dövlət Qeydiyyatı haqqında 19 saylı şəhadətnaməsi ilə Bakı Ali Pedaqoji Qızlar Seminariyası Bakı Qızlar Universiteti adlandırılmışdır.

Tədris işlərinə rəhbərlik etmək ilk dəfə 1992-ci ildə Nazim Abbasova həvalə edilmişdir.

Bakı Qızlar Universitetində tədris özünəməxsus sistem üzrə təşkil olunub. Burada Elmi Şura, Tədris, elmi və tərbiyə işləri üzrə prorektorluq, "Sosial-pedaqoji" və "Filologiya-tarix" fakültələtinin dekanlıqları, 6 kafedra, Tələbə Şurası, Tələbə Elmi Cəmiyyəti, bədii yaradıcılıq studiyası, Kompüter mərkəzi, Tələbə Gənclər Təşkilatı, Ekoloji mərkəz, kitabxana fəaliyyət göstərir.

Bakı Qızlar Universitetinin əyani şöbəsində təhsil müddəti 4 il, qiyabi şöbəsində 4 il 6 aydır. Universitetdə "", "Ədəbiyyat", "Tarix", "Təbiət fənləri", "Psixologiya", "Pedaqogika", "İctimai elmlər" kafedraları fəaliyyət göstərir. Tələbələrin təlim-tərbiyəsi ilə 7 kafedrada çalışan 100-dən artıq müəllim məşğul olur. Onlaradan 37 nəfəri elmlər doktoru, professor, qalanları isə elmlər namizədi, dosentdir.

Universitetin əsaslı təmir edilmiş binası, tədris üçün zəruri texniki vasitələrlə təchiz olunmuş 50–75 nəfərlik auditoriyaları vardır. Universitetdə zəngin kitabxana, ixtisas laboratoriyaları, iclas zalı, yeməkxana, nəşriyyat, şən və hazırcavablar klubu, bədii özfəaliyyət dərnəyi, xor kollektivi və s. fəaliyyət göstərir.

Bakı Qızlar Universitetinin rektoru dosent Sevinc Ağarəhim qızı Rəhimovadır.