Malazgird döyüşünü (1071) izləyən illərdə türklərin əlinə keçən bölgə, XI əsr əvvəllərində I xaclı səfərilərinin dalınca Bizanslılar tərəfindən geriyə alındı. 1280-ci ildə Məntəşə bəy tərəfindən fəth edildi. Məntəşə bəyin hakimiyyətində qalan şəhər daha sonra Məntəşə bəyi öldürən Aydınoğlu Məmməd beyin əlinə keçdi və 1308-ci ildə Aydınoğulları bəyliyi quruldu. Dövlətin qurucusu Aydınoğlu Məmməd bəy, Germiyanoğullarıın subaşısıydı (ordu komandiri). Məmməd bəy, əvvəl Germiyanoğullarına bağlı qaldı. Sonra Bizansdan Birgini alıb paytaxt halına gətirdi. Bu şəkildə müstəqilliyini elan etdi. Daha sonra Ödəmiş, Sultanhisar və Ġzmiri də torpaqlarına qatdı. Ayasuluğda (bugünkü Səlcuq) Aydınoğullarının ilk donanmasını qurdu.

Məmməd bəyin 1334-cü ildə ölümündən sonra bəyliyin başına oğulu Umur bəy keçdi. Umur bəy Səlcuq və Ġzmirdə limanlar qurdu, donanmasını gücləndirdi. Saqqız, Bozcaada, Eğriboz, Mora və Rumeli sahillərinə axınlar təşkil etdi. Umur bəy Alaşehiri də torpaqlarına qatınca, Venedik, Cənəviz, Rodos cəngavərləri və Kipr krallığının donanmaları birləşərək hərəkətə keçdi. Birləşmiş xaçlı donanması 1344-cü ildə Ġzmiri ələ keçirdi və Aydınoğulları bu döyüşdə donanmasını itirdi.

Aydınoğulları, Umur bəyin 1348-ci ildə ölməsindən sonra gücünü itirdi. Dənizdən Venedik və Rodos şovalyelerinə, qurudan da Osmanlılara qarşı qoya bilmədi. Ġsa Bəy, 1390-cı ildə torpaqlarını Ġldırım Bayezide buraxaraq Tiredə oturmağı qəbul etdi. 1402-ci ildəki Ankara döyüşündə Ġldırım Bayezidi məğlub edən Teymur Aydınoğullarına köhnə torpaqlarını geri verdi. Bəyliyi əlinə keçirən Cüneyd bəy idarəsində Aydınoğulları bir az daha ayaqda qaldı. Lakin Cüneyd bəy Osmanlı dövləti əleyhində müxtəlif narahatlıqlara qatıldı. Xüsusilə fetret dövründə dəyişik şahzadələrə dəstək təmin etdi və saxta Mustafa üsyanlarında əhəmiyyətli rol oynadı. Ən sonunda Ġzmir yaxınlarındakı sığındığı qalada təslim olmaq məcburiyyətində qaldı və həm özü həm də ailəsi öldürüldü. Beləcə 1426da Aydınoğulları bəyliyi torpaqları II Murad tərəfindən qəti olaraq Osmanlı dövlətinə qatıldı.