Kəndin ətrafında olan Ağ qayanın adı ilə bağlıdır.

Ağqaya kəndi 1933-cü ildə Ağqaya binəsi kimi qeydə alınmışdır. Kənd XIX əsrdə Zəngəzur qəzasının Şəlvə dərəsindəki kəndlərdənöz yaylaq yerlərinə gələrək məskunlaşmış rəhimli və kərimli nəsilləri tərəfindən salınmışdır. Sonralar yaxınlıqdakı Pələnkəli kəndidağıdıldıqdan sonra onun əhalisinin cox hissəsi də Ağqaya kəndinə köçmüşdür. Adını rayonun ərazisindəki Ağqaya adlı yüksəklikdən almışdır. Hazırda bu yüksəklik Şişqaya adlanır.

Çökək yurd, Çiçələr dağının yurdu, Süleymanın yurdu, Şırşır bulağın yurdu, Babanın yurdu, Şikar bəyin yurdu, Minənin yaz yurdu,Ağ bulaq yaylağı,Nəsib bəyin yurdu,Orta burun yaylağı,Balaca babanın biçənəyi,Babanın yurdu,Zilfi biçənəyi,Mələkcanlı dərəsi,Davalı yer,Çaldaş yaylağı,Şişdağ yaylağı,Göydam yaylağı,Qanqallı çökək yaylağı,Çökək göl yaylağı.

Göl bulağı, Şırşır bulaq, Şəfaa bulağı, Göy bulaq, Əliabbas bulağı, Dovşan bulağı, Sızqa bulaq, Sayad bulağı,Kazım bulağı, İsmayıl bulağı,Cəlal bulağı,Naziksu bulağı,Xatun bulağı,Çömçə bulağı,Zeynalın bulağı,Teymur baba bulağı,Ağ bulaq,Quzu gölü bulağı,Pələngə bulağı,Kora bulaq,Qiblə bulağı, Zifli bulaq,Zahid bulağı.

Başıaçıq, Qara öküz yatan, Xırlıgüney, Yal yeri, Tirqırılan, Çal qayalar, Balaca şiş, Böyük şiş, Gölün çökəyi, Qozların dərəsi, Yazlıq yeri, Xırmanlar, Kalafalıq, Usubun biçənəyi, Ayı dərəsi, Ağqayanın boynu, Pələngə, Pələngənin dərəsi, Dəyirman yeri, Əzizin biçənəyi, Çərkəzin çəpəri, Bataqlıq, Çaxnağın dərəsi,Cağanlı xırman, Ağqayanın çayı, Pələngə suyu, Qara ağacların suyu, Quzu gölü, Şiştəpə dağı,Teymurun zağası,Pələngənin yalı,Mehdinin yalı,Ayı gölü,Çiçələr gəzdəyi,Səslənən qaya Altı qardaş palıd,Pöhrəli burun,Baxacaqlı təpə,Ağavurulan.

Binə, Göy damın binəsi,.