Baburun ölumundən sonra taxta onun oğlu Humayun çıxır. 1544-cu ildə Humayun əfqan hakimi Şirxanla döyuşdə məğlub olaraq arvadı və yaxın adamları ilə birlikdə səfəvi şahı I Təhmasibin yanına qaçır. Təhmasib onu Təbrizin girəcəyində təntənə ilə qarşılayır. Humayun Təhmasibə bahalı hədiyyələr, o cümlədən elə bir almaz verir ki, "ruzigarın gözü belə şeyi görməmiş və qulağı da eşitməmişdi." Öz növbəsində Təhmasib də Humayunun şərəfinə dəbdəbəli bir ziyafət verərək, ona qiymətli hədiyyələr bağışlayır.

Humayun hakimiyyət uğrunda mübarizədə Təhmasibdən dəstək istəyir. Bir neçə ildən sonra şah I Təhmasib Budaq xan Qacarın sərkərdəliyi altında 12 minlik qızılbaş ordusunu ona qoşur, və Şirxanı məğlub edən Humayun Böyük Moğolların taxt-tacını geriyə qaytarır.

Humayun Təbrizdə ikən Azərbaycan miniatur sənəti ustalarının, xəttat və memarlarının əsərləri ilə tanış olur və Azərbaycan incəsənətinə heyran kəsilir. Yenidən hakimiyyəti ələ keçirdikdən sonra o, bir sıra Azərbaycan sənətkarlarını Dehliyə öz sarayına dəvət edir. Miniatürçü Mir Seyid Əli də həmin sənətkarlar arasında idi.

Humayun Mir Seyid Əli ilə rəssamlıq dərsləri kecmək və astronomik muşahidələr (Humayun astrologiya ilə maraqlanırdı) aparmaqdan otru ŞirXan tərəfindən tikilmiş bir binaya tez-tez gəlir. O, ozunun nadir əlyazmalar kitabxanasını da burada yerləşdirmişdi. 1565-cı il yanvarın 24-də Humayun kitabxananın damına çıxaraq üfüqdə Venera planetinin görünməsini gözləyirdi. Taleyin işi elə gətirir ki, qaranlıq düşəndən sonra Humayun aşağı enmək istəyir, ikinci pilləyə ayaq qoyarkən müəzzinin azan səsini eşidir və əyilmək istəyəndə paltarının ətəyi nəyəsə ilişir. Humayun pilləkəndən üzüstə yıxılır, başı partlayır və ölür.

Deyildiyi kimi, Humayun Azərbaycandan qayıtdıqdan sonra Səfəvi memarlığının böyük pərəstişkarına çevrilmişdi. Bunu nəzərə alan arvadı həmin il Məkkə ziyarətindən qayıdarkən Azərbaycandan keçəndə memar Ağa Mirək Mirzə Qiyası özü ilə sevimli ərinin məqbərəsini tikdirməkdən ötrü Dehliyə gətirir.

Məqbərə 1573-cu ildə səkkiz ilə tikilib başa catır. Ağa Mirək sübut edir ki, bu qədər yolu boş yerə qət etməyib. Hind sənətşünaslarının fikrincə, həmin məqbərə Hindistanda bu cür xatirə komplekslərinin tikilişində dönüş nöqtəsinə çevrilir. Həmin abidə Böyük Moğollar dövründə ucaldılmış bu tipli məqbərələrin birincisi olur. Həmin sıranın zirvəsi isə heç şübhəsiz, dünya memarlığının Aqradakı şedevri Tac-Mahal sayılır (türk memarı Məhəmməd İsa Əfəndi tərəfindən 1630–1652-ci illərdə tikilib).

Ağa Mirək oz əsərində Səfəvi, Orta Asiya və türk memarlığına xas monumental səth strukturunu qoruyub saxlamaqla birgə onun simasına Hindistan üslubuna məxsus cizkilər də əlavə etmişdi. Səfəvi və Orta Asiya memarlarının məscid, saray və məqbərələrin bəzənməsində daha artıq istifadə etdikləri əlvan lövhələr əvəzinə Ağa Mirək ağ mərmərlə müxtəlif çalarlı rəngli daşların uyuşmasına çalışıb.

Məqbərə kvadrat formalı (52x52 m. ölçüdə) görünüşə malikdir. Mərkəzdəki oktaqonal zalın ətrafında nisbətən kiçik daha 4 zal var. Ağa Mirək ən yaxşı Səfəvi ənənələrinə uyğun bir şəkildə məqbərənin ətrafında bağçalar salınmasını nəzərdə tutub. Bağ-bağat məqbərənin "Nizamədiin" adlanan yerində salınıb. Məqbərənin özü iki geniş xiyabanın kəsişdiyi parkın ortasında tikilib. Çaharbağ adlandırılan bu cür planlaşdırma Təbrizdə, Qəzvində və Ərdəbildə saray bağlarının salınmasında da gözlənilmişdir. Yeri gəlmişkən qeyd edək ki, İsa xanın (1547) oktaqonal məqbərəsi də həmin bağın içində yerləşir. Mütəxəssislərin fikrincə, belə formalı məqbərələr Hindistanda əvvəllər də tikilmişdi. Bunlar oktaqonal Divanxanalar – misal üçün Şirvanşahlar saray kompleksi ilə qəribə bir oxşarlıq təşkil edir. Yaxud da əksinə, divanxanalar bu məqbərələrin kiçildilmiş nüsxələri sayıla bilər.

Ağa Mirək xanın adı Hindistan xalqına yaxşı tanışdır, onun tikdiyi məqbərə isə indiyə qədər ölkədəki memarlıq abidələri içində ən gözəgəlimlilərindən sayılır.

Hindistan tarixində Boyuk Moğolların sonu və müstəqillik uğrunda mübarizə ilə bağlı bir çox faciəvi hadisələr həmin abidənin adı ilə sıx əlaqədardır. 1857-ci ildə Böyük Moğollar sülaləsiidən olan hakimlərdən biri – Bahadur şah Zəfər Britaniya ağalığına qarşı müsəlman və hinduların məşhur üsyanının başında dayanır. Üsyan yatırıldıqdan və ingilislər vəziyyətə nəzarəti ələ aldıqdan sonra Bahadur şah öz ailəsi ilə Humayunun məqbərəsində gizlənir. Həmin ilin 22 sentyabrında ingilislər parka soxularaq, Bahadur şahın iki oğlunu və bir nəvəsini öldürür, onun özünü isə Ranquna sürgün edirlər. Teymurun xələflərindən axırıncısı elə burada da ölür.

İmperator Humayunun şərəfinə məqbərənin yaradıcısı görkəmli memar Ağa Mirək Mirzə Qiyasın adı Hindistan mədəniyyətinin tarixinə qızıl hərflərlə yazılmışdır. Eyni zamanda Humayunun da adı altı əsas muğamdan birinin adında Azərbaycan xalqının mədəniyyətinə əbədi həkk olunmuşdur. Deyilənə gorə, Humayun muğamı imperator Humayunun Təbrizdə şah I Təhmasibin sarayında qaldığı zaman yaranmış, sonradan cilalanıb, indiki halına düşmüşdür.