Mehdiyev Əqil Səftər oğlu 20 iyul 1920-ci ildə indiki Babək rayon Nehrəm kəndində anadan olub.

1939-cu ildə Azərbaycan Tibb İnstitutunun (indiki Tibb Universiteti) müalicə-profilaktika fakültəsinə qəbul olub, Böyük Vətən müharibəsinin (1941–1945) başlanması iıə əlaqədar təhsili yarımçıq qoyub müharibəyə yollanmışdır. 1943–1952-ci illərdə Nehrəm kənd məktəbində müəllim və direktor işləmişdir. 1959-cu ildə Tibb İnstitutunu bitirdikdən sonra Babək rayon Qahab və Nehrəm kənd xəstəxanalarında baş həkim 1973–1984; 1993–1995-ci illərdə N. Nərimanov adına Respublika xəstəxanasının baş həkim, 1995–2004-cü illər Naxçıvan Muxtar Respublikasının Səhiyyə Naziri vəzifəsində işləmişdir.

Əqil Mehdiyev Naxçıvan Muxtar Respublikasında səhiyyənin inkşafında böyük xidmətləri olmuşdur. Bu dövrdə kənd xəstəxanaları, doğum mərkəzi tikilib istifadəyə verilmiş, Naxçıvan Respublika xəstəxanasında naftalanla müalicə şöbəsi və cərrahiyə mərkəzi yaradılmışdır.

Əqil Mehdiyev Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin (1-ci çağırış) deputatı seçilmişdir.1997-ci ildə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ağsaqqalar şurasının sədri seçilmişdir.

Əqil Mehdiyevin Azərbaycanda səhiyyənin inkişafındakı xidmətlərinə görə 1973-cü ildə Səhiyyə əlaçısı,1974-cü ildə MSSR-nın, 1981-ci ildə isə Azərbaycan SSR əməkdar həkimi fəxri adlarına, "Şöhrət", "İstiqlal" ordenləri və medallarla təltif olunmuşdur.

Cəlil Vəzirov Əqil Mehdiyevin həyat yolundan bəhs edən "Pəncərəmi açdım sabaha" adlı kitab yazmışdır.

Əqil Mehdiyev 21 avqust 2011-ci ildə vəfat edib və Bakı şəhərində dəfn edilib.

Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisi 2020-ci ildə Əqil Səftər oğlu Mehdiyevin 100 illik yubileyinin keçirilməsi haqqında sərəncam qəbul edib.