Əmir Hüseynov 1914-cü il may ayının 25-də Zəngəzur mahalının Mehri rayonu Lök (Vartanizor) kəndində anadan olmuşdur. 1932-ci ildə İrəvan Pedaqoji Texnikumunu bitirmişdir. 1932–1935-ci illərdə Mehri rayonunun Nüvədi kəndində 7 illik məktəbdə müəllim və direktor vəzifələrində işləmişdir. 1935-ci ildə Azərbaycan Kənd Təsərrüfatı İnstitutunun aqronomiya fakültəsinə daxil olmuş və 1940-cı ildə onu fərqlənmə ilə bitirmişdir. 1940-cı ilin oktyabr ayından – 1941-ci ilin iyun ayınadək Naxçıvan Muxtar Respublikası Şahbuz rayonunun torpaq şöbəsində baş aqronom vəzifəsində çalışmışdır.

4 iyul 1941-ci–24 avqust 1945-ci illərdə Böyük Vətən Müharibəsinin Şimali Qafqaz, 3-cü və 4-cü Ukrayna cəbhələrində bölüm, rota və eşelon komandiri vəzifələrində rəşadətlə vuruşmuşdu. 1944-cü il iyulun 4-də Moldovada ağır yaralanaraq II dərəcəli əlil olmuşdur. 1946-cı ildən Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Pambıqçılıq İnstitutunun "Pambığın seleksiyası" şöbəsində baş elmi işçi vəzifəsinə qəbul olunmuşdur.

15 may 1953-cü il tarixində "Barbadenze pambıq formalarının xüsusiyyətləri və onların seleksiyada istifadəsi" mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə etmiş və SSRİ Ali Attestasiya Komissiyası 17 mart 1954-cü il tarixli qərarı ilə biologiya elmləri namizədi alimlik dərəcəsi almışdır.

1955–1960-cı illərdə Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Pambıqçılıq İnstitutunun Ağstafa Təcrübə Məntəqəsinə rəhbərlik edərək tezyetişən, qısa veqetasiya müddəti olan pambıq sortlarının seleksiyası ilə məşqul olmuşdur. 1960-cı ildən Gəncəyə qayıdaraq ömrünün sonunadək Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Pambıqçılıq İnstitutunun Seleksiya şöbəsində pambığın seleksiyasını müvəffəqiyyətlə və yüksək səviyyədə davam etdirmişdir. Bir sıra tezyetişən və məhsuldar pambıq sortları yaratmışdır (bunlardan 3038, 3312, AzETPI-55 və s. Dövlət Sort Sınağına verilmişdir).

Onun yaratdığı 3038 pambıq sortu 1976-cı ildən Azərbaycanda rayonlaşdırılaraq 1983-cü ildə demək olar, ki bütün respublikada 230,000 hektar sahədə əkilmişdi. Hazırda da bu sort Azərbaycanda becərilir.

Əmir Hüseynovun rəhbərliyi altında 6 nəfər elmlər namizədi alimlik dərəcəsi almışdır.

Hüseynov Ə. M. Azərbaycan Genetika və Seleksiyaçılar Cəmiyyətinin idarə heyətinin üzvü, Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Genetika və Seleksiya Institutunun Əlaqələndirmə Şurasının üzvü olmuşdur.

1965-ci ildə o Qahirə universitetində pambıq bitkisinin Genetika və Seleksiyasından mühazirələr oxumuşdur.

O dəfələrlə kənd təsərrüfatı sərgilərinin mükafatçısı, bir sıra beynəlxalq seleksiyaçılar qurultaylarının iştirakçısı olmuşdur. Onun 51 elmi əsəri və 3038, 3312 pambıq sortlarının aqrotexnikasına aid təlimatları çap olunmuşdur.

Müharibədə rəşadətinə görə 1944-cü ildə Hüseynov Ə. M. 1-ci dərəcəli Vətən Müharibəsi Ordeni ilə və bir sıra hərbi medallarla təltif edilmişdir.

Elmi nailiyyətlərinə görə Hüseynov Ə. M. 1977-ci ildə "Əməkdar elm xadimi" fəxri adina layiq görülmüş, 1978-ci ildə Qırmızı Əmək Bayrağı ordeni ilə təltif olunmuşdur.

3038 pambıq sortunun yaradılması və Azərbaycanın kənd təsərrüfatına tətbiqinə görə Hüseynov Ə. M. 1980-ci ildə Azərbaycan Respublikası Dövlət Mükafatına layiq görülmüşdür.

1998-ci il avqust ayının 6-da 84 yaşında dünayasını dəyişmişdir.