Şamaxı şəhəri və ətraf regionlar həmişə hesab olunub. Təkcə 1806–1902-ci illər ərzində şəhərdə 9 güclü zəlzələ baş verib ki, bunların ən güclüsü 1859-cu ildə baş vermiş Şamaxı zəlzələsi olub. Bu zəlzələ nəticəsində şəhər tamamilə dağılmış, çoxlu sayda insan həlak olmuş, Şamaxı quberniyasının mərkəzi Şamaxı şəhərindən Bakıya köçürülmüş və quberniyanın adı uyğun olaraq dəyişdirilmişdi. Bu zəlzələdən bir il sonra, 1860-cı ildə Şamaxıda tədqiqatlar aparan alman geoloqu və professoru German Abix Şamaxıda daha bir güclü və dağıdıcı zəlzələnin baş verə biləcəyi proqnozunu vermişdi. Buna baxmayaraq imperiya rəhbərli bu xəbərdarlıqları qulaqardına vuraraq Şamaxı şəhərində tikinti işlərini genişləndirərək burada əhalinin sayının artmasına şərait yaradırdı. 1902-ci il zəlzələsi baş verən ana qədər şəhərdə 22.000 sakin yaşayırdı.

1902-ci il yanvar ayının 31-də gündüz saat 12 radələrində, baş vermiş sonuncu təbii fəlakət zamanı bu antik şəhər tamamilə dağılıb, maddi mədəniyyətimizin sonuncu ən unikal nümunələri də yerlə yeksan olmuş, torpağın dərin qatlarına gömülüb. Təsadüfi deyil ki o zamanın bir sıra mətbuat nümunələri bu təbii fəlakəti "Qiyamət günü" ilə müqayisə edərək onun dəhşətləri barədə məlumatlar dərc ediblər. Məlumatlara görə 1902-ci ildəki zəlzələ zamanı şəhərin 2.000 nəfərdən artıq sakini həlak olub, minlərlə insan yaralanıb, 20.000 nəfərədək əhali evsiz-eşiksiz qalıb, 4 min yaşayış evi, 8 qədim məscid, iki kilsə, 10-dan artıq mədrəsə, 40 qədim şərq hamamı, onlarla ticarət obyekti, bazar-dükan dağılaraq yerlə yeksan olub. Şəhərdə zəlzələ sonrası böyük panika yaşanıb, əhali qorxu içərisində qaçışmağa başlayıb. Zəlzələ nəticəsində şəhərdəki 5.000 evdən 4.000-ni tamamilə dağılmış, həmçinin Şamaxı qəzasında yerləşən 126 kənddə 3.000-dən çox ev, 40 məscid və çoxlu təsərrüfat tikililəri dağılmışdı. Zəlzələdən sonra hökumət rəsmiləri və əhaliyə yardım etmək üçün əraziyə gəlib. Bütün bu faktlar ötən əsrin əvvəllərində Sankt-Peterburq şəhərində çap olunan "Niva" adlı dərginin 97-ci sayında rəsmən öz təsdiqini tapıb. Hal-hazırda həmin dərginin zəlzələ ilə bağlı səhifələri saxlanmaqdadır.

Şamaxı zəlzələsinin, onun səbəblərinin və nəticələrin öyrənilməsi artıq 1902-ci ildə başlandı. Birinci hadisə yerinə Qafqaz dağlıq idarəsinin tapşırığı üzrə mədən mühəndisi Şahqulu Mirzə gəldi. Onun apardığı araşdırmaların nəticələrinə əsasən Şamaxı zəlzələsinə aid ilk yazılar 1902-ci ildə nəşr olundu, 1903-cü ildə zəlzələ haqqında yazılan kitab işıq üzü gördü. Artıq 1902-ci ilin fevralında alimlər zəlzələ nəticəsində baş verən böyük dağıntıların və qurbanların iki səbəbi təyin etdilər. Birinci səbəb Şamaxının çox hissəsinin zəif qruntlar üzərində, yəni yumşaq, su ilə təmin edilmiş torpaqlarda yerləşməsi idi. İkinci səbəb şəhərdəki tikinti işlərinin pis aparılmasından ibarət idi. Əhali zəif gil məhlulundan hazırlanmış yerli daşdan evlər tikirdi, evlərin damı ağır və yastı olurdu. Onlar şəhərin digər hissəsində tikilmiş taxta evlərlə müqayisədə daha asan dağılırdılar.

Bu zəlzələ haqqında ən dəqiq məlumat, Şamaxı rayonunu tezliklə zəlzələdən sonra gəzmiş olan geoloq V. Veberin rus. "Şemaxinskoe zemletryasenie 31-qo yanvarya 1902 q." monoqrafiyasında verilmişdir.

• Şamaxı zəlzələsi (1667)
• Şamaxı zəlzələsi (1859)