Şəfaül-əsrar — Seyid Yəhya Bakuvinin türk dilində yazılmış yeganə əsəridir.

Bu əsər ehtiva etdiyi mövzular etibarilə mütəfəkkirin və digər əsərlərinin şərhi mahiyyətindədir. Bir müridin mürşidliyə gedən yolda keçməsi lazım gələn 70 məqamdan söz açılaraq, bu məqamların nələr olduğu açıqlanır və bu məqamlara yetişmək üçün lazım gələn vəzifələr izah olunur. Əsərdə təsəvvüf yolunu izləyənlər üçün elmin vacib olduğu sıx-sıx vurğulanır. Həqiqi şeyx ilə saxta şeyxlərin xüsusiyyətləri açıqlanaraq, həqiqi şeyxə tabe oladan bu yolla gedilə bilinməyəcəyi bildirilir.

İbadətlərin batini mənaları, çeşidləri və hikmətləri şərh olunur. Əsərdə Quran ayələri, hədislər və bir sıra sufilərin sözlərinə dönə-dönə müraciət edilmişdir.

"Ziyaül-Buyustəri" ləqəbli "Mahmud ibn Ömər bin Mövlana Süleyman Hocam" adlı katib Seyid Yəhyanın dağınıq və köhnəlmiş vəziyyətdə olan bu əsərini toplayaraq yenidən yazdığını əsərin sonunda ifadə etmişdir. Katib onu müəllif nüsxələrindən köçürmüşdür. kataloqunda bu ad ilə qeydli bir əsərə rast gəlinsə də bu tamam başqa bir kitabdır. Əsərin əldə edilən yeganə nüsxəsi (Hacı Mahmud,2283-cü nömrə) mühafizə olunur. Əsərin yazılma tarixi XV əsrin ortalarıdır. Köçürülmə tarixi isə bilinmir, ancaq XVI əsrin ortaları olacağı güman olunur.