1942-ci ilin yanvarında yaponlar holland müstəmləkə hökumətinin yerini alan Niderland Ost-Hindinə hücum etdilər.17 avqust 1945-ci ildə Yaponiyanın təslim olmasından iki gün sonra İndoneziyanın millətçi lideri Sukarno İndoneziyanın müstəqilliyini elan etdi.   Sukarno və İndoneziya rəhbərliyinin yaponlarla əməkdaşlıq etdiyini görən hollandlar səlahiyyətlərini bərpa etmək qərarına gəldilər. Lakin Niderland Ost-Hindi üçün məsuliyyət daşıyan Lord Luis Mountbattenin rəhbərliyindəki İngilis Cənubi Şərqi Asiya Komandanlığı holland qoşunlarının Yava və Sumatraya enməsinə icazə verməmiş və orada de-fakto Respublika səlahiyyətlərini tanıdı. Bununla birlikdə hollandlar Borneo və Böyük Şərq də daxil olmaqla Yapon Hərbi Dəniz Qüvvələrinin əvvəllər işğal etdiyi ərazilərin əksəriyyətinə nəzarəti bərpa edə bildilər. İngilislər və Hollandiya arasındakı mübahisələr Niderland Ost-Hindin General-qubernatoru Hubertus van Mookpone İndoneziya ilə ortaqlığı üçün son dərəcə öz müqəddəratını təyin etməsi ilə nəticələndi. 1946-cı ilin iyul ayında hollandlar Sulavesidə Borneo və Şərqi İndoneziyanın nümayəndələri Niderland ilə əlaqəli federal bir İndoneziya Birləşmiş Ştatlarının təklifinin dəstəkləndiyi Malino Konfransını təşkil etdi. Bu üç ünsürdən, İndoneziya Respublikası, biri Borneoda, digəri Şərqi İndoneziya üçün ibarət olacaq. Bu 15 noyabrda birtərəfli olaraq elan edilmiş İndoneziya Respublikası federal İndoneziya prinsipinə razılıq verdiyi Linqqadcati Sazişi tərəfindən izlənildi. Hollandlar daha sonra 1946-cı ilin dekabrında Denpasar Konfransını təşkil etdi. Şərqi İndoneziya Dövləti, ardınca 1947-ci ildə Qərbi Borneoda bir dövlət quruldu. 20 iyul 1947-ci ildə Hollandiya tərəfindən İndoneziyalı respublikaçıların nəzarətində olan ərazilərə istiqamətli bir hərbi əməliyyat Hollandiyanın Qərb və Şərqi Yava, Sumatradakı Medan, Palembanq və Padanq ətrafındakı ərazilərə nəzarəti ələ alması ilə nəticələndi. Birləşmiş Millətlər Təşkilatı atəşkəsə çağırdı və tərəflər arasında aparılan danışıqlar Hollandiyanın ən qabaqcıl mövqelərini birləşdirən "Van Mook Line" boyunca atəşkəs ilə 1948-ci ilin yanvarında Renville Sazişinə səbəb oldu. Hollandlar daha sonra yenidən yerləşdikləri ərazilərdə, o cümlədən Şərqi Sumatra (dekabr 1947), Madura və Qərbi Yava (fevral 1948), Cənubi Sumatra (sentyabr 1948) və Şərqi Yava (noyabr 1948) də dövlətlər qurdular. Bu bölgələrin rəhbərləri daha sonra Federal Məşvərət Məclisini qurdular.

18 dekabr 1948-ci ildə respublikanın məhv edilməsinə yönəlmiş ikinci bir holland hərbi əməliyyatı olan Kraai Əməliyyatı başladı. Yava şəhərləri, o cümlədən respublikanın paytaxtı Yogyakarta və Sumatranın uzaq şimalındakı Acehdən başqa bütün böyük şəhərlərini geri almasına baxmayaraq, hərəkətə keçdi. Şərqi İndoneziya və Pasundan (Qərbi Yava) əyalətlərinin kabinetlərinin və Yogyakarta Sultanının bölgə başçısı vəzifəsindən istefasına etiraz etdi. ABŞ və Birləşmiş Millətlər Təşkilatının, xüsusən Təhlükəsizlik Şurasının qətnaməsi şəklində təzyiqləri mövcud idi. Hollandiya suverenliyin təhvil verilməsi üçün İndoneziya ilə danışıqlara razılıq verdi. Hollandiya-İndoneziya Dəyirmi Masası Konfransı 1949-cu ilin avqustundan noyabr ayına qədər Haaqada baş tutdu və nəticədə Hollandiya Qərbi Yeni Qvineya istisna olmaqla Niderland Ost-Hindinə suverenliyi verməyə razı oldu. Bununla birlikdə, bir çox İndoneziyalı millətçi, Hollandiyanın "böl və işğal et" strategiyasının təzahürü olan yeni milləti zəiflətmək və ya parçalamaq üçün bir federal dövlətə israr etdiyini düşünürdü. Buna baxmayaraq, 17 dekabr 1949-cu ildə suverenlik İndoneziya Birləşmiş Ştatlarına verildi.

RUSİ-nin iki palatalı bir qanunverici orqanı var idi. Xalq Nümayəndələri Şurasının tərkibinə İndoneziya Respublikasından 50 və müxtəlif ştatlardan 100 nəfər olan nümayəndələrdən ibarət idi. Senatda əhalisindən asılı olmayaraq RUSİ-nin hər bir hissəsindən iki üzv var idi və cəmi 32 nəfərdən ibarət idi. Ştat Dəyirmi Masa Konfransı çərçivəsində tərtib edilmiş 1949-cu il Federal Konstitusiyasına uyğun olaraq idarə edildi. Baş nazir Hattanın rəhbərlik etdiyi 16 üzvdən ibarət bir kabinet vardı.

1950-ci ilin mart və aprel aylarında Şərqi Sumatra və Şərqi İndoneziyadan başqa RUSİ-nin bütün tərkib hissələri Cümhuriyyətə daxil oldular. 3-5 may tarixlərində Şərqi İndoneziya Dövləti, Şərqi Sumatra Dövləti və İndoneziya Respublikası arasında üç tərəfli konfrans üç qurumun vahid bir dövlət halına gətirilməsi qərarı ilə başa çatdı. Mayın 19-da İndoneziya Birləşmiş Ştatlarının (qalan iki təsisçi dövləti təmsil edən) hökumətləri və İndoneziya Respublikası hökumətləri tərəfindən bütün tərəflərin "... vahid birlik yaratmaq üçün razılığa gəldikləri" elan edildi. İndoneziya Respublikasının transformasiyası olaraq 1945-ci il avqustun 17-də elan edildi. İndoneziya Birləşmiş Ştatları prezident Sukarno tərəfindən 1950-ci il 17 avqust - müstəqilliyinin elan edilməsinin beşinci ildönümü ilə rəsmi olaraq dağıldı və yerini unitar İndoneziya Respublikası aldı.

RUSI on altı əsas qurumu özündə birləşdirirdi: yeddi dövlət (negara), o cümlədən Yava və Sumatra bölgələrindən ibarət olan "İndoneziya Respublikası" (31 milyondan çox əhalisi); əvvəllər birbaşa idarə olunan doqquz ərazi (neo-torpaqlar, nid. neo-landchappen). İndoneziya Respublikasından başqa, əhalisi 100.000 ilə 11 milyon arasında olan bütün bu təsis qurumları Hollandiya tərəfindən qurulmuşdur. Ayrı-ayrı siyasi qurumlar kimi görünə bilməyən bir sıra kiçik qurumlar da daxil edildi.

• Cribb, Robert. Historical Atlas of Indonesia. Curzon Press. 2000. ISBN 0-7007-0985-1.
• Cribb, R.B; Kahin, Audrey. . Scarecrow Press. 2004. ISBN 9780810849358.
• . The Decline of Constitutional Democracy in Indonesia. Singapore: Equininox Publishing (Asia) Pte Ltd. 2008 [1962]. ISBN 979-3780-45-2.
• , , Cambridge: Harvard University Press, 2003, ISBN 0-674-01834-6.
• Ide Anak Agung Gde Agung. From the Formation of the State of East Indonesia Towards the Establishment of the United States of Indonesia. Owens, Linda tərəfindən tərcümə olunub. Yayasan Obor. 1996 [1995]. ISBN 979-461-216-2.
• Kahin, George McTurnan, , Cornell University Press, 1970, ISBN 0-8014-9108-8.
• Indrayana, Denny, Indonesian Constitutional Reform 1999-2002, PT Gramedia, 2008, ISBN 978-979-709-394-5
• Legge, J.D., Indonesia, Englewood Cliffs, New Jersey: Prentice-Hall Inc, 1964
• Reid,, Anthony. Indonesia: revolution without socialism // Jeffrey, Robin (redaktor). . Macmillan. 1981. –162. ISBN 9780333278574.
• , The Indonesian National Revolution, 1945 1950, Hawthorn, Victoria, Australia: Longman, 1974, ISBN 0-582-71047-2
• , A History of Modern Indonesia Since c. 1200 (4th), Palgrave MacMillan, 2008 [1981], ISBN 978-0-230-54686-8
• Simanjuntak, P. N. H. Kabinet-Kabinet Republik Indonesia: Dari Awal Kemerdekaan Sampai Reformasi (Indonesian). Jakarta: Djambatan. 2003. ISBN 979-428-499-8.