Əmir Teymurun nəvəsi Bayqara mirzənin oğlu olan Sultan Hüseyn Bayqara, Uluğbəydən sonra davam edən çaxnaşmalar sırasında, yenə Əmir Teymurun nəvələrindən olan və Heratda hakimlik edən Əbülqasım Baburun xidmətinə girdi. Burada dövlət idarəsində təcrübə qazandı. Onsuzda çox qabiliyətli, təhsilli, zəki bir insan idi.

Herat əmiri Babur 1457-ci ildə ölüncə, burada da çəkişmələr başladı və Sultan Hüseyn Bayqara Heratdan ayrılaraq Mərvə keçdi. Burada bölgənin hakimi Muizzüddin Səncərin qızı ilə evləndi və ondan böyük oğlu Bədiüzzaman mirzə dünyaya gəldi.

Sultan Hüseyn mirzə özünə bağlı az saylı adamlarla və özbəklərdən Şadibəyin yardımı ilə Ceyhunun Özboy yörəsində kiçik bir bölgənin idarəsini ələ aldı. Az sonra Şadibəyi kənarlaşdıraraq sınırlarını genişlətdi və başqa Özbək grupların yardımı ilə Mazandaranı da ələ keçirdi. Bundan sonra Herata hakim olan Əbu Səidlə mübarizəyə başladı. Əbu Səid Ağqoyunlu hökmdarı Uzun Həsənə məğlub olunca Heratı da ələ keçirdi (1469).

Beləcə başlayan səltənətinin ilk zamanlarında, Bayqara bəzi çətinliklərlə qarşılaşdı. Əbu Səidin oğlu Yadigar mirzə, atasının ölümünə səbəb olan Uzun Həsənlə anlaşaraq və ondan yardım alaraq Herat üzərinə yürüş etdi. Çox çətin durumda qalan Sultan Hüseyn Bayqara, sadəcə 350 adamıyla, 1470-ci il tarixində gerçəkləşdirdiyi bir gece basqını ilə Heratı təkrar ələ keçirdi və Yadigar mirzənı təsirsiz hala gətirdi.

Sultan Hüseyn Bayqara bundan sonra Heratı şeybanilərdən (şimaldakı Özbəklərdən) qorumaq üçün yürüşlər hazırladı və Ceyhun boyundakı qalalarını gücləndirdi. Mavərəünnəhr və Xarəzmi idarəsi altına aldı.

Sultan Hüseyn Bayqaranın iqtidarı 37 il sürdü və onun dövründə Heyart "Teymurlular Renesansı" deyilən böyük türk mədəniyyəti merkezi oldu. O dövrdə dünyanın ən böyük şəhəri olan Heratın əhalisi 2 milyonu keçirdi.

Böyük xaqan Sultan Hüseyn Bayqara aynı zamanda böyük bir şair idi. Şeirlərini bəzi böyük türk şairləri kimi farsca və ərəbcə deyil, türkcə yazır və "Hüseyni" təxəllüsü işlədirdi. Elm adamlarına, sənətin diğər növlərinə də önəm verir, sarayını bir Elmlər Akademiyası halına gətirmişdi.

Sultan Hüseyn Bayqara oğullarını geniş ölkəsinin müxtəlif bölgələrinə vali olaraq göndərmişdi.Səltənətinin sonlarına doğru oğullarının müstəqillik üçün mübarizəyə başlamış olmaları ölkə bütövlüyünə xələl gətirirdi. Böyük oğlu Bədiüzzaman mirzə ilə arası açılmışdı. Bediüzzaman mirzə 1499-cu ildə Heratı mühasirə etdi amma sonuç ala bilmədi bir yandan özbəklər də Herat üzərinə basqınlarını artırdılar. Bu sırada (1501-ci ildə) Əmir Əlişir Nəvai vəfat etdi və Sultan Hüseyn Bayqara en böyük yardımçısını itirmiş oldu. Bundan sonra (1506-cı ildə) özbəklər üzərinə yürüş etməyə qərar verdi və başqa teymurlulardan da yardım istedi. Baburun göndərdiyi ordu hələ gəlmədən Sultan Hüseyn Bayqara səfərə çıxdı. Yolda vəfat etdi və cənazəsi Herata gətirildi.

Sultan Hüseyn Bayqaradan sonra yerinə oğullarından Bədiüzzaman mirzə keçdi. Oğulları atalarının topladığı orduları idarə edəcək və özbəklərlə savaşacaq qüdrətdə deyildilər. Babur savaşın uzadılmasını istəsə də, fikrini qəbul etdirə bilməyincə çəkildi. Ordu dağıldı ve bir il içində özbəklər, Şeybani Məhəmmədin komandasında Heratı zəbt etdilər.Beləcə Sultan Hüseyn Bayqaranın qurduğu dövlət yıxıldı.

• Teymurilər sülaləsi