Kilsə XIX əsrin 40-cı illərində inşa edilmişdir və hərbi ibadət yerlərindən sayılırdı. 1855-ci il tarixli, 39 saylı "Qafqaz" qəzetinin məlumatına görə, məbəd Xəzər dəniz idarəsinin bütün rütbəli şəxsləri tərəfindən, Rusiya könüllü donanmasının və polkunun şefi şərəfinə tikilmişdir. Bu səbəbdən, onun dua otağı ilk vaxtlar gəmi göyərtəsini xatırladırdı və o Xəzər donanmasına tabe idi. Bu dövrdə məbəd, "Donanma kilsəsi" (rusça "Flotskaya") adlanırdı. Kilsə pskov stilində inşa edilmişdi. 1873-cü ildə məbədin binası Bakı batalyonuna, daha sonra isə Salyan polkuna verilir. 1875-ci ildə kilsə Yeparxial idarənin rəhbərliyinə verilir.

1891-ci ildə hərbi idarənin protosviterinin razılığı ilə kilsə binasının bərpası başlandı və 1892-ci ilin noyabr ayında təmir işləri yekunlaşdı. Təmir-bərpa işi Müqəddəs Sinodun vəsaiti hesabına aparılmışdı və 22 min. rubla başa gəlmişdi. Kilsədə yeni çar qapıları və gurbangah quraşdırılmışdır, həmçinin məbədin digər yerləri də dəyişdirilmişdir. Bütün nəqqaşlıq işləri rəssam Ems tərəfindən görülmüşdü.

1 noyabr 1892-ci ildə yenicə bərpa edilmiş məbəddə Nikolay Baş kilsəsinin protoiyereyi və baş keşişi Aleksandr Vasilyeviç Yuniskiy tərəfindən ruhanilər məclisi ilə birgə Müqəddəs Arxistriq Mixailin şərəfinə müqəddəsləşdirilmə mərasimini həyata keçirilmişdi. Kilsədə bir çox ikonalar var idi, amma onların arasında daha çox Müqəddəs Mitropolit Moskovskiy Aleksiy və Yaşaran İlahi Ana ikonaları seçilirdi. Bu ikonalar Salyan polkuna hədiyyə kimi göndərilmişdi. Kilsədə Müqəddəs Mixail adına yalnız bir prestol (xristian məbədində bəzi dini mərasimlərin həyata keçirilməsi üçün nəzərdə tutulmuş kiçik masa) vardı.

8 noyabr 1899-cu ildə kilsəyə Müqəddəs Arxistriq Mixail adına ikona bağışlandı. Bu ikona Salyan polkunun himayəçisi sayılırdı. 1918-ci ildən 1923-cü ilə kimi Mixail-Arxangel kilsəsinin baş keşişi protoiyerey olmuşdu. Sonradan o, Novosibirsk şəhərinin mitropoliti olmuş və sibir əhalisi arasında müqəddəs insan kimi tanınmışdı. 1936-cı ildə sözü gedən məbəd Sovet hakimiyyəti tərəfindən bağlanıldı və yataqxanaya çevrildi. Faşizm üzərində qələbədən sonra, 1946-cı ildə kilsənin binası yenidən Rus Pravoslav Kilsəsinə qaytarıldı.

Hal-hazırda Bakı yeparxiyasının arxiyepiskopu Aleksandr İşeinin təşəbbüsü ilə məbədin aşağı mərtəbəsində müqəddəs həvari Varfolomey adına prixod (aşağı kilsə təşkilatına mənsub üzvlərinin yaşadığı yer) tikilir. 25 may 2001-ci ildə Moskva və Ümumrusiya Patriarxı Mixail-Arxangel kilsəsinə baş çəkmiş və burada dua mərasimini həyata keçirmişdi.