1378-ci ildə xristianlığın iki qolu arasında baş verən parçalanmadan və papa ölümündən sonra iki papa seçilir. Onlardan biri Avinyonda (fransızlar tərəfindən seçilmiş), digəri isə Romada (italyanlar tərəfindən seçilmiş) fəaliyyət göstərir. Bu zaman almanlar Romada fəaliyyət göstərən papa dəstəkləyirlər. Kurfürst (feodal Almaniyada imperator seçmək hüququna malik olan nüfuzlu knyaz) I Ruprext papa VI Urbanın yaxın adamları ilə danışıqlar apararaq universitet fondunun yaradılması haqqında (papa tərəfindən möhürlənmiş sənəd) almağa nail olur. 1385-ci il oktyabrın 23-də papa VI Urban məktəb (lat. Studium Generale) yaradılmasına icazə verir, 1386-cı il iyunun 26-da isə I Ruprext universitet yaradılması haqqında əmr imzalayır. Papanın nizamnaməsində göstərildiyi kimi, yeni universitet Paris Universitetinə uyğun yaradılır və dörd fakültədən (fəlsəfə, ilahiyyat, hüquq və tibb) ibarət olur. 1386-cı il oktyabrın 18-də xüsusi Papa messası (katolik ibadətlərindən birinin adı və bu ibadət zamanı çalınan musiqi) altında Heydelberq şəhərində Almaniyanın ilk universitetinin açılışı baş tutur. Universitetin ilk rektoru orta əsrlər filosofu təyin edilir. Universitet sürətlə inkişaf etməyə başlayır və artıq 1390-cı ildə burada 185 tələbə təhsil alırdı.

XV əsrin sonunda universitetin rektoru yepiskop İohann fon Dalberqin təşəbbüsü ilə burada humanizm mədəniyyəti tədris edilir. Heydelberq Universitetində Alman humanizm məktəbinin yaradıcılarından Rudolf Aqrikola, Konrad Setls, Yakob Uimpfelinq, İohann Reyxlinin adlarını qeyd etmək olar. 1482-ci ildə papa ruhani olmayan və evli şəxslərin papanın razılığı ilə universitetdə adi tibb professoru vəzifəsinə təyin olunmasına, 1553-cü ildə isə papa kilsə gəlirindən ruhani olmayan professorlara vəsait ayrılmasına icazə verir. Martin Lüterin mühazirələri 1518-ci ilin aprelində universitetdə böyük əks-səda doğurur, onun müəllim və alimlər arasından olan tərəfdaşları tezliklə Almaniyanın cənub-qərbində aparıcı qüvvələrinə çevrilirlər. 1563-cü ildə Heydelberq Universitetinin İlahiyyat məktəbinin əməkdaşları (xristianların sual-cavab şəklində olan şəriət kitabı) hazırlayırlar. XVI əsrdə humanizmlə yanaşı, universitetdə Kalvinizm cərəyanı da tədris olunur və bu cərəyanın aparıcı simalarından Pavel Sxede, Yan Qruter, Martin Opits və Matteus Merianıni qeyd etmək olar. Bu dövrdə universitet ölkənin mühüm mədəni və akademik mərkəzinə çevrilir, ali məktəbə çoxlu sayda alim cəlb edilir. Lakin 1618-ci ildə başlamış universitetin inkişafını dayandırır. 1622-ci ildə dünya üzrə tanınmış universitetin kilsəsindən oğurlanaraq Romaya gətirilir. 1693-cü ildə isə XIV Lüdovikin qoşunları, demək olar ki, Heydelberq Universitetinin binalarını tamamilə dağıdır.

Sonuncu Katolik Reformasiyasının nəticəsi olaraq Heydelberq Universiteti protestantlıq xarakterini itirərək yezuitlər (mürtəce katolik ruhaniləri cəmiyyətinin üzvü, katolik rahib) tərəfə yönəlir. 1735-ci ildə həmin dövrdə Domus Vilhelmina adlanan Universitet meydanında qədim universitet binası tikilir. Yezuitlərin səyləri nəticəsində burada hazırlıq seminariyası açılır. 1773-cü ildə yezuitlər ordeni yatırıldıqdan sonra universitetdə məktəblərin əksəriyyəti Fransız Lazaritlər Konqreqasiyasının əlinə keçir. 1803-cü ildə Heydelberq Universiteti Baden hersoqu Karl Fridrix tərəfindən bərpa edilir və dövlət müəssisəsinə çevrilir. Bu dövrdən başlayaraq universitet I Ruprext ilə yanaşı, Karl Fridrixin də adını daşıyır. Karl Fridrix özünü universitetin rektoru elan edir və ali məktəbi beş fakültəyə bölür. Həmin onillikdə universitetdə romantizm, daha sonra isə liberalizm inkişaf edir, bu öz əksini Klemens Brentano, Axim fon Arnim, Lüdviq Tik, İosif Herres, Cozef fon Eyxendorffun, Fridrix Şlosser, Georq Qotfrid Gervinusun yaradıcılığında tapır.

1933-cü ildə Üçüncü Reyxin yaranmasından sonra Heydelberq Universiteti Almaniyanın digər ali təhsil müəssisələri kimi millətçi-sosialistləri dəstəkləyir. Bir çox dissidentlər ölkəni tərk etmək məcburiyyətində qalır. 1933-cü il mayın 17-də Heydelberq Universitetinin müəllim və tələbələri Universitet meydanında kitab yandırılması mərasimində iştirak edirlər və həmin dövrdən universitet millətçi ali məktəb kimi tanınır. Ali məktəbin girəcəyində yazılmış "Canlı ruh" şüarı "Alman ruhu" ilə əvəz olunur. İkinci dünya müharibəsindən sonra Heydelberq Universiteti müharibə zamanı dağıntıya məruz qalmadığı üçün burada bərpa prosesi sürətlə gedir. Ali məktəbin əvvəlki "Həqiqətin, ədalətin və insanlığın canlı ruhu" şüarı özünə qaytarılır. 1960–1970-ci illərdə universitet sürətlə inkişaf edir, şəhər kənarında Nyunheymer Feld ərazisində ali məktəbin nəhəng tibb və dəqiq elmlər kampusu açılır. 2007-ci ildə Heydelberq Universiteti və tərəfindən alman universitetlərinin beynəlxalq təsirinin gücləndirilməsi, universitetlərdə təhsil alan gənc alimlərə gözəl şərait yaradılması məqsədilə təsis olunan Misilsiz Təşəbbüs maliyyə proqramına qoşulur.

2009–2010-cu tədris ilində Heydelberq Universitetinin illik büdcəsi 603,8 milyon avro təşkil edib. Ali məktəbin illik gəlirləri həmin il 187,1 milyon avro, xərcləri isə 180,5 milyon avro olub. Heydelberq Universitetində təhsil haqqı hər semestr 500 avro təşkil edir. Qeydiyyatdan keçmək üçün tələbə 104 avro ödəməlidir. Qeydiyyat xərcləri ilə birgə təhsil haqqının məbləği hər semestr 604 avrodur. Universitet tələbələrdən tibbi sığortadan keçməyi tələb edir. Tibbi sığortanın məbləği 6 ay üçün 296,55 avrodur. Avropa Birliyindən olan tələbələr öz vətənlərində tibbi sığortadan keçmələri haqqında sənəd (E 111 sertifikatı) təqdim edərlərsə, tibbi sığortadan azad edilirlər. Heydelberq Universitetinə qəbul olan tələbələr qalmaq üçün əvvəlcədən özlərinə yer axtarmalıdırlar. Hazırda kampus ərazisində otaqların aylıq qiyməti 200–500 avro arasında dəyişir. Hər semestrin əvvəlində tələbə 120 avro ödəyərək semestr bileti əldə edir, bu da semestr ərzində ona Heydelberq şəhəri ərazisində bütün növ ictimai nəqliyyatdan pulsuz istifadə etməyə imkan yaradır. Universitetdə tələbələrə bir neçə təqaüd (Curt Engelhorn, Heidemarie Engelhorn, Wild, Ray and Elfie Carrell, DAAD) təklif edilir. Təqaüdlərin əksəriyyətinin, təqaüdü (400 avro) istisna olmaqla, məbləği ayda 660 avrodur.

Avropa Tədqiqat Universitetləri Liqasına daxildir.

Koimbra qrupunun üzvüdür.