Alisa otağında "Yetişmiş albalı" (ing. Cherry Ripe) mahnısını bağa qonaq gələn tamaşaçılar qarşısında ifa etmək üçün hazırlaşır. Bu qonaqlar möcüzələr ölkəsinin personajlarıdır. Sadəcə, onların əsl kimliyi həmin möcüzələr ölkəsində açılır. Həmçinin, Alisanın otağındakı oyuncaqlar da möcüzələr ölkəsində yaşayan insanların vəziyyətini əks etdirir). Lakin o qəfil səhnədəki qonaqlardan qorxur və meşəyə qaçır. Burada ağacdan bir alma aşağı düşməyə başlayır. Bu alma sanki Alisanın üzünə parlayır. Birdən ağacların yanından insan boyda olan Ağ Dovşan çıxıb qaçır. Ağ Dovşan elə qaçır ki, sanki harasa tələsir. Onun əlində saat olur. Bu da Alisanın marağına səbəb olur. Alisa da onun ardınca qaçır. Beləliklə, Alisa Ağ Dovşanın ardınca qaçaraq "Möcüzələr ölkəsinə"nə düşür.

Alisa "Möcüzələr ölkəsi"də səyahət etməyə başlayır. Bu zaman müxtəlif insanların həyatı və problemləri ilə qarşılaşır. Alisanın boyu "Möcüzələr ölkəsi"nə daxil olan zaman normal qalır. Lakin elə də böyük olmayan bağa açılan qapıdan keçən zaman Alisanın boyu kiçilir. Alisanın göz yaşlarını görən Cənab Siçan və onun dostları ona kömək etməyə başlayır. Sonra Alisa Ağ Dovşana rast gəlir. Otaqda şüşə qabda mayeli su içir. Qabın üzərində "İç Məni" yazılmışdır. Bu zaman Alisa həddindən artıq böyüməyə başlayır. Ağ Dovşan və onun bağbanları Pet ilə Vill Alisaya kömək etməyə başlayırlar. Lakin yenədə Alisa kiçilməyə başlayır. Alisa Meşədə azaraq mayor Keterpiller ilə rastlaşır. Keterpiller ona kiçilməzdən əvvəl qorxmamağı tapşırır. Alisa göbələyin hissələrini ilə qidalanaraq böyüməyə başlayır. Bu zaman Alisanın boyu normal hala düşür. Alisa yenidən səyahətini davam etdirir. Manor Evi adlanan yerdə qadın musiqi Hersoqu ilə rastlaşır. Alisa körpəni əlinə alır. Lakin əlindəki körpə tədricən donuza dönür. Alisa onu yerə buraxır. Çeşir pişiyi ona Dəlisov Papaqçı və onun dostları Mart Pişiyi ilə Sonyanın yanına getməyi məsləhət görür.

Alisa "Trio" ilə görüşən zaman səhnədə qorxmağı necə dəf etmək müzakirəyə qoyulur. Dəlisov Papaqçı stolunu üzərinə hoppanır. Bu işi Dəlisov Papaqçı "Qırmızıtoxmaq Kraliça"nın konsetində görmüşdür. Alisa səhnəyə çıxan zaman Dəlisov Papaqçı və Mart Pişiyi qabları sındırmağa başlayır. Alisa kiçik qapıdan gəlir. Alisa Qırmızıtoxmaq Kraliçaya məxsus Labirintə düşür. "Qırmızıtoxmaq Kraliça" Alisanı qəribə Kroket oyununa dəvət edir. Lakin "Qırmızıtoxmaq Kraliça"nın insanlara qarşı münasibəti və onların edam etdirməyə məhkum olmaları, Alisanın xoşuna gəlmir. Çeşir pişiyinin başı gözlənilmədən görünməyə başlayır. Qadın Hersoqu Kinqin sualına cavam vermək üçün gəlir ki, pişiyin kimə məxsus olmasını tapsın. Lakin Çeşir pişiyi gözdən itir. Alisa Kroket oyununu tərk edir. Alisa macəralarını davam etdirərək, Qrifon və Sınaq Tısbağası ilə rastlaşır. Sınaq Tısbağası ona oxumağı öyrədir. Əvvəlcə "Xərçəng Kuadrill" (ing. The Lobster Quadrille) mahnısını tək ifa edir. Ardınca isə Alisa onunla ilə birgə "Gözəl şorba" (ing. Beautiful Soup) mahnısını ifa etməyə başlayır. Alisa onlardan məmnun qalaraq, buranı tərk edir. Alisa buranı tərk etdikdən sonra Ağ Cəngavər ilə rastlaşır. Ağ Cəngavər ona ixtiralarından danışır və ona mərd olması bildirir.

Alisa səyahətini davam etdirərək güllərlə qarşılaşır. Onların sırasında ən dərrakəli Pələng-Lili olur. Onların arasında bir çox dələduz itburnu və çoxilli qızçiçəkləri olur. Alisa Pələng-Lilidən meşədən çıxmaq üçün hara getməyini soruşur. Bu zaman bütün güllər ona müxtəlif istiqamət göstərir. Alisa onların sözlərinə qulaq asmayaraq, yoluna davam edir. Alisa bu dəfə Tvidli Dam və Tvidli Di ilə rastlaşır. Bir müddət sonra onları arasında mübahisə baş verir və onlar bir-biri ilə mübarizə aparmağa başlayırlar. Tvidli Dam və Tvidli Di zədə almamaları üçün onlar cəngavər paltarı geyinirlər. Lakin bu geyimlər ağır olduğundan onlar tez bir zamanda yorulurlar. Bu zaman burulğan yaranır və onlar buranı tərk edirlər. Alisa da burulğandan xilas olmaq üçün buranı tərk etmək məcburiyyətində qalır. Ardınca Alisanı məhkəməyə çağırırlar. Məhkəmədə "Ürəklər Valeti"nin Kraliça Piroqlarını oğurlaması mühakiməsi aparılır. Şahid kimi Dəlisov Papaqçı və onun dostları dəvət olunur. Lakin Kraliçanın Piroqlarını başqası oğurlamışdır. Bunu sübut edən dəlil yoxdur. Alisa məhkəmə qarşısına çıxarılır. Bu zaman Alisa həminki kimi göbələyin hissələrini yeyərək daha da böyüməyə başlayır. Alisa kraliçanı və kralı tənqid etməyə başlayır. Alisa saxlanılan şəxsin günahkar olmadığını və piroqların yerində olduğunu bildirir. Ağ Dovşan başqalarının fikrinin ona lazım olub-olmadığını və həqiqətən, qərarında əmin olması barəsində ona iki sual verir. Alisa ilk suala "xeyr, nə vaxt ki, mən haqlıyam", digər suala "Bəli, mən əminəm" cavabını verir. Bu zaman Ağ Dovşan Alisaya "Onda biz sənə artıq lazım deyilik" deyərək, Alisanı geri qayıdır. Alisa əvvəlki kimi ağacdan almanın yerə düşdüyünü görür.

Evə geri qayıdan zaman Alisa mahnını həvəslə valideynlərinin və onların qonaqların qarşısında oxumağa başlayır. Lakin ifa edəcəyi mahnının əvəzində "Xərçəng Kuadrill" mahnısını oxuyur. Bu mahnı əvvəlki mahnıdan da maraqlı olur. Qonaqlar bu mahnını bəyənərək onu alqışlamağa başlayırlar. Bu zaman Alisa Çeşir pişiyinin də sevindiyini görür. Qarşılıqlı olaraq Alisanın simasında təbəssüm yaranır.

Filmin məzmunu Luis Kerrolun "Alisa möcüzələr ölkəsində" və "Alisa güzgü arxasında" əsərlərinin məzmununa yaxın yaradılmışdır. Film üçün xüsusi effektlər "London animasiya studiyası Framestore CFC" tərəfindən yaradılmışdır. Filmdəki bütün oyuncaqlar ABŞ-nin xüsusi vizual effektlər hazırlayan «Jim Henson’s Creature Shop» adlı kompaniyası tərəfindən hazırlanmışdır. Filmdə təxminən 875 vizual effektdən istifadə edilmişdir. Filmdəki qəhrəmanların obrazı Luis Kerrolun "Alisa möcüzələr ölkəsində" və "Alisa güzgü arxasında" əsərlərinin ilk illüstratoru olan ingilis rəssamı Con Tennielin (ing. John Tenniel) illüstrasiyası əsasında yaradılmışdır.

Aşağıdakı cədvəldə 1999-cu ildə çəkilən "Alisa möcüzələr ölkəsində" filminin bütün saundtrekləri göstərilmişdir:

Bütün mahnılar Riçard Hartli tərəfindən yazılmış və bəstələnmişdir. 

• Təxəyyülün şah əsəri (ing. A Masterpiece of Imagination)

• Cohen, Morton (1996). Lewis Carroll: A Biography. Vintage Books. pp. 30–35. ISBN 978-0-679-74562-4.
• Clark, Ann (1979). Lewis Carroll: A Biography. London: J. M. Dent. ISBN 0-460-04302-1.